Sugihara var mellan 1939 och 1940 Japans vicekonsul i Kaunas, Litauen. Under juni och augusti år 1940 utfärdade Sugihara, trots Tokyos motstånd, tusentals visum till judiska flyktingar som flytt undan Nazitysklands invasion av Polen 1939. Visumen gjorde att flyktingarna kunde resa till säkerhet i Japan, via Transsibiriska järnvägen. Uppgifterna om antalet judar som Sugihara skulle ha räddat på detta sätt varierar från 2 139 till 10 000. Troligtvis är det verkliga antalet någonstans på den nedre delen av skalan.