Församlingen utgjorde på medeltiden ett eget pastorat för att därefter till 1962 vara annexförsamling i pastoratet Lillkyrka och Boglösa som 1943 utökades med Vallby församling. Från 1962 till 2006 var församlingen annexförsamling i pastoratet Veckholm, Kungs-Husby, Torsvi, Lillkyrka, Boglösa och Vallby.[4] År 2006 införlivades i Boglösa församling Lillkyrka och Vallby församlingar samtidigt som Torsvi och Kungs-Husby församlingar uppgick i Veckholms församling.[5] Från 2014 ingår församlingen i Enköpings pastorat.[6]
^Stift, kontrakt och pastorat i nummerordning med ingående församlingar 2020-01-01, SCB, läs online.[källa från Wikidata]
^ [ab] Medlemmar i Svenska kyrkan i förhållande till folkmängd den 31.12.2019 per församling, kommun och län samt riket, Svenska kyrkan, läs online.[källa från Wikidata]