Юные пионеры, мальчик и девочка, пришли в гости к художнику Петру Ивановичу, который обещал им показать новые картинки к сказкам. Девочка случайно плеснула чернилами из чернильницы на открытый альбом с рисунками, где образовалась клякса. Но когда Художник решил вывести пятно кляксовыводителем, Клякса ожила и убежала между страницами альбома.
Чтобы Клякса не погубила лучшие рисунки художника, он решил поймать её, срисовав девочку и мальчика на страницу альбома. Оживив нарисованных детей, Пётр Иванович стал помогать им перемещаться по страницам сказок. Ребята оказались на поляне, где стояла избушка Бабы-Яги, в которой Клякса уже успела похулиганить и убежать, а ребятам пришлось спасаться в бочке от прилетевшей Бабы-Яги.
На следующей странице дети оказались в море, и Художник нарисовал для них лодку. На них попыталась напасть акула, но с помощью нарисованного паруса ребята уплыли от неё и оказались на острове с Робинзоном Крузо и его другом Пятницей.
На следующей странице брат с сестрой оказались на чужой планете, где повстречались с пятью инопланетянами из летающей тарелки, которые устроили им торжественный и весёлый приём. Во время празднования среди инопланетян вдруг появился шестой, весь чёрный! Ребята поняли, что это Клякса и погнались за ней.
На следующей странице на детей попытался напасть разъярённый лев, испачканный Кляксой, но Художник нарисовал перед ним клетку. Дальше, попав в свой нарисованный двор, ребята обратились за помощью к дворнику дяде Феде, но он погнался за ними, уверенный, что именно мальчик, а не какая-то Клякса, измазал чёрной краской лестницу в подъезде.
На следующей странице ребята оказались на спине пятиголового Змея Горыныча, который решил их съесть, но испугался несущегося на них дворника с метлой и пустился наутёк. Пока дворник побеждал Змея, ребята догнали и поймали Кляксу, а Художник наконец-то вывел её кляксовыводителем.
Вернув детей из сказочного альбома, Художник признался им, что он не волшебник, а простой художник-мультипликатор, работающий на студии «Мультфильм».
Фильмы-сказки: сценарии рисованных фильмов. Выпуск 10. — М.: Искусство, 1972. — 222 с. — 65 000 экз. (1974 — второе издание — тираж 50 000 экз.) Сутеев В. «Мы ищем кляксу».
Сутеев В. Г. В мире сказок В. Сутеева. — М.: АСТ, 2013. — 272 с. — (Сказки). — ISBN 978-5-17-059453-5, 978-5-17-057941-9. Сказка «Мы ищем кляксу», стр. 158—167.
Издания на DVD
Мультфильм неоднократно издавался на DVD в сборниках мультфильмов: «Большая переменка». («Союзмультфильм»)[2].