Родился в Баку в семье Озиаса Моисеевича Лернера (1902—19.01.1973), ребёнком переехавшего с родителями в Одессу из НовоселицыБессарабской губернии[1], и Ревекки Исааковны Лернер (урождённой Копытель, 22.10.1908—13.10.1985). Отец, окончивший в 1928 году Одесский институт народного хозяйства по специальности экономист, работал в Баку в нефтяной промышленности. Получив в институте и позднее на дополнительных курсах знания по иностранному языку, с 1937 по 1939 год работал преподавателем английского языка. С 1940 года в связи с новым назначением в системе Наркомэлектропрома, перевёз всю семью из Баку в Москву. В период Великой Отечественной войны направлялся в длительные командировки на различные предприятия оборонной промышленности для перевода технической литературы по военной технике (полученной по программе лендлиза). После войны трудился на руководящих должностях планового хозяйства в различных министерствах. Умер в Москве в январе 1973 года и похоронен на Рогожском кладбище. Мать была певицей (меццо-сопрано), но от карьеры отказалась в пользу воспитания двух сыновей, старшего Натана и младшего Марка.
Дебютировал в качестве режиссёра на студии «Таджикфильм», где в 1972 году поставил фильм «Аффенди, осёл и воры»[3]. С 1973 года работал на студии «Мульттелефильм» в Творческом объединении «Экран». Первая режиссёрская работа на новой студии сразу принесла признание у коллег и популярность у зрителей. Это были две серии ранее запущенного на «Мульттелефильме» мини-сериала «Приключения Мюнхаузена» — «Меткий выстрел» (1973) и «Павлин» (1974).
В начале 1980-х годов Натан Лернер увлёкся созданием кукольных фильмов и добился заметных успехов. Лучший фильм Лернера этих лет — «Чертёнок № 13»[3].
↑Семья покинула Новоселицу в 1907 году в связи с переводом главы семейства Лернера Моисея Нисеновича в Одесский филиал фирмы Розенберга, где он работал бухгалтером (метрические записи всей семьи доступны на сайте еврейской генеалогии JewishGen.org).