Thermococcaceae

Thermococcaceae
Thermococcus gammatolerans
Научная классификация
Домен: Археи Тип: Эвриархеоты Класс: Thermococci Zillig and Reysenbach 2002 Порядок: Thermococcales Zillig 1988 Семейство: Thermococcaceae
Международное научное название
Thermococcaceae Zillig 1988
Типовой род
Thermococcus Zillig 1983
Систематика в Викивидах Изображения на Викискладе ITIS   951477 NCBI   2259 EOL   7929

Thermococcaceae (лат.) (Термококки) — семейство архей из типа эвриархеот (Euryarchaeota), единственное в порядке Thermococcales и классе Thermococci[1][2] (синоним Protoarchaea Cavalier-Smith 2002[3]). В семейство включают 3 рода, более 40 известных видов, что делает его самым многочисленным семейством в домене архей. Вероятно, изучена лишь небольшая часть существующих в природе видов этого класса[4].

Описание

Характеризуются очень высокой температурой оптимального роста (80 °С выше) при pH среды близкой к нейтральной (оптимум у большинства лежит в пределах 6—8) и солёности, близкой к солёности морской воды. Наиболее частые места обитания — подводные гидротермальные источники. Представители рода Thermococcus обнаружены также в наземных гидротермах Новой Зеландии. Сведений об обитании термококков в аэробных и низкотемпературных экосистемах и в средах с высоким или низким pH в настоящее время нет[4].

Классификация

Pyrococcus furiosus

На июнь 2017 года в семейство включают следующие таксоны[1][5]:

• Род Palaeococcus Takai et al. 2000[6]
  • Palaeococcus ferrophilus Takai et al. 2000 (типовой вид)
  • Palaeococcus helgesonii Amend et al. 2006
  • Palaeococcus pacificus Zeng et al. 2013
• Род Pyrococcus Fiala and Stetter 1986[7]
  • Pyrococcus abyssi Erauso et al. 1993 — отсутствует в LPSN^[англ.]
  • Pyrococcus endeavori — отсутствует в LPSN
  • Pyrococcus furiosus Fiala and Stetter 1986 (типовой вид)
  • Pyrococcus glycovorans Barbier et al. 1999
  • Pyrococcus horikoshii González et al. 1999
  • Pyrococcus kukulkanii Callac et al. 2016
  • Pyrococcus woesei Zillig 1988
  • Pyrococcus yayanosii Birrien et al. 2011
• Род Thermococcus Zillig 1983[8]
  • Thermococcus acidaminovorans Dirmeier et al. 2001
  • Thermococcus aegaeus corrig. Arab et al. 2000
  • Thermococcus aggregans Canganella et al. 1998
  • Thermococcus alcaliphilus Keller et al. 1997
  • Thermococcus atlanticus Cambon-Bonavita et al. 2004
  • Thermococcus barophilus Marteinsson et al. 1999
  • Thermococcus barossii Duffaud et al. 2005
  • Thermococcus celer Zillig 1983 (типовой вид)
  • Thermococcus celericrescens Kuwabara et al. 2007
  • Thermococcus chitonophagus Huber and Stetter 1996
  • Thermococcus cleftensis Hensley et al. 2014
  • Thermococcus coalescens Kuwabara et al. 2005
  • Thermococcus eurythermalis Zhao et al. 2015
  • Thermococcus fumicolans Godfroy and Meunier 1996
  • Thermococcus gammatolerans Jolivet et al. 2003
  • Thermococcus gorgonarius Miroshnichenko et al. 1998
  • Thermococcus guaymasensis Canganella et al. 1998
  • Thermococcus hydrothermalis Godfroy et al. 1997
  • Thermococcus kodakarensis corrig. Atomi et al. 2005
  • Thermococcus litoralis Neuner et al. 2001
  • Thermococcus marinus — отсутствует в LPSN
  • Thermococcus mexicalis — отсутствует в LPSN
  • Thermococcus nautili Gorlas et al. 2014
  • Thermococcus onnurineus Bae et al. 2006 — отсутствует в LPSN
  • Thermococcus pacificus Miroshnichenko et al. 1998
  • Thermococcus paralvinellae Hensley et al. 2014
  • Thermococcus peptonophilus González et al. 1996
  • Thermococcus piezophilus Dalmasso et al. 2016 — отсутствует в LPSN
  • Thermococcus prieurii Gorlas et al. 2013
  • Thermococcus profundus Kobayashi and Horikoshi 1995
  • Thermococcus radiotolerans — отсутствует в LPSN
  • Thermococcus sibiricus Miroshnichenko et al. 2001
  • Thermococcus siculi Grote et al. 2000
  • Thermococcus stetteri Miroshnichenko 1990
  • Thermococcus thioreducens Pikuta et al. 2007
  • Thermococcus waimanguensis — отсутствует в LPSN
  • Thermococcus waiotapuensis González et al. 2001
  • Thermococcus zilligii Ronimus et al. 1999

Palaeococcus   P. ferrophilus Takai et al. 2000 (type sp.)     P. helgesonii Amend et al. 2006         ?Thermococcus litoralis Neuner et al. 2001     ?Thermococcus marinus ♠ Jolivet et al. 2004     ?Thermococcus mexicalis ♠ Antoine 1996     ?Thermococcus nautilus ♠ Soler et al. 2007     ?Thermococcus onnurineus ♠ Bae et al. 2006     ?Thermococcus radiotolerans ♠ Jolivet et al. 2004     ?Thermococcus waimanguensis ♠ Goetz & Morgan 1999       Thermococcus aegaeus Arab et al. 2000       Thermococcus alcaliphilus Keller et al. 1997     Thermococcus sibiricus Miroshnichenko et al. 2001           Thermococcus aggregans Canganella et al. 1998       Thermococcus barophilus Marteinsson et al. 1999       Pyrococcus   ?P. abyssi ♠ Erauso et al. 1993     ?P. woesei ♦ Zillig 1988     ?P. yayanosii Birrien et al. 2011       Thermococcus chitonophagus Huber and Stetter 1996     P. glycovorans Barbier et al. 1999         P. furiosus Fiala and Stetter 1986 (type sp.)     P. horikoshii González et al. 1999         Thermococcus   T. gorgonarius Miroshnichenko et al. 1998     T. guaymasensis Canganella et al. 1998           T. fumicolans Godfroy and Meunier 1996     T. gammatolerans Jolivet et al. 2003         T. stetteri Miroshnichenko 1990       T. kodakarensis Atomi et al. 2005     T. peptonophilus González et al. 1996               T. profundus Kobayashi and Horikoshi 1995       T. acidaminovorans Dirmeier et al. 2001       T. pacificus Miroshnichenko et al. 1998       T. waiotapuensis González et al. 2001     T. zilligii Ronimus et al. 1999                 T. atlanticus Cambon-Bonavita et al. 2004       T. celericrescens Kuwabara et al. 2007     T. siculi Grote et al. 2000           T. coalescens Kuwabara et al. 2005     T. thioreducens Pikuta et al. 2007       T. hydrothermalis Godfroy et al. 1997     T. celer Zillig 1983 (type sp.)     T. barossii Duffaud et al. 2005

Примечания

1. Classification of domains and phyla - Hierarchical classification of prokaryotes (bacteria) : Version 2.0 : [англ.] // LPSN. — 2016. — 2 October.
2. Taxonomy Browser : Thermococci : [англ.] // NCBI. (Дата обращения: 23 июля 2017).
3. Class Protoarchaea : [англ.] // LPSN. (Дата обращения: 23 июля 2017).
4. Слободкина Г. Б. Молекулярная детекция представителей гипертермофильных архей и характеристика архейной термостабильной ДНК-полимеразы Архивировано 9 мая 2012 года. : диссертация ... кандидата биологических наук : 03.00.07. — М., 2005. — 118 с. : ил. — РГБ ОД.
5. Taxonomy Browser : Thermococcaceae : [англ.] // NCBI. (Дата обращения: 23 июля 2017).
6. Genus Palaeococcus : [англ.] // LPSN. (Дата обращения: 23 июля 2017).
7. Genus Pyrococcus : [англ.] // LPSN. (Дата обращения: 23 июля 2017).
8. Genus Thermococcus : [англ.] // LPSN. (Дата обращения: 23 июля 2017).

Литература

• Cavalier-Smith T. The neomuran origin of archaebacteria, the negibacterial root of the universal tree and bacterial megaclassification (англ.) // Int. J. Syst. Evol. Microbiol.^[англ.] : journal. — 2002. — Vol. 52, no. Pt 1. — P. 7—76. — PMID 11837318. (недоступная ссылка)
• Woese C. R., Kandler O., Wheelis M. L. Towards a natural system of organisms: proposal for the domains Archaea, Bacteria, and Eucarya (англ.) // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America : journal. — 1990. — Vol. 87, no. 12. — P. 4576—4579. — doi:10.1073/pnas.87.12.4576. — Bibcode: 1990PNAS...87.4576W. — PMID 2112744. — PMC 54159.
• Zillig W., Reysenbach A. L. Class IV (sic) [V]. Thermococci class. nov. // Bergey's Manual of Systematic Bacteriology Volume 1: The Archaea and the deeply branching and phototrophic Bacteria (англ.) / D. R. Boone and R. W. Castenholz, eds. — 2nd. — New York: Springer Verlag, 2001. — P. 169. — ISBN 978-0387987712.
• Atomi H., Fukui T., Kanai T., Morikawa M., and Imanaka T. 2004. Description of Thermococcus kodakaraensis sp. nov., a well studied hyperthermophilic archaeon previously reoprted as Pyrococcus sp. KOD1. Archaea 1: 263—267.
• Fukuda W., Ismail Y. S., Fukui T., Atomi H., and Imanaka T. 2005. Characterization of an archaeal malic enzyme from the hyperthermophilic archaeon Thermococcus kodakaraensis KOD1. Archaea 1: 293—301.
• Fukui T., Atomi H., Kanai T., Matsumi R., Fujiwara S., and Imanaka T. 2005. Complete genome sequence of the hyperthermophilic archaeon Thermococcus kodakaraensis KOD1 and comparison with Pyrococcus genomes. Genome Research 15: 352—363.
• Jolivet E., L’Haridon S., Corre E., Forterre P., Prieur D. 2003. Thermococcus gammatolerans sp. nov., a hyperthermophilic archaeon from a deep-sea hydrothermal vent that resists ionizing radiation. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 53: 847—851.
• Miroshnichenko M. L., Gongadze G. M., Rainey F. A., Kostyukova A. S., Lysenko A. M., Chernyh N. A., and Bonch-Osmolovskaya E. A. 1998. Thermococcus gorgonarius sp. nov. and Thermococcus pacificus sp. nov.: heterotrophic extremely thermophilic archaea from New Zealand submarine hot vents. International Journal of Systematic Bacteriology 48: 23—29.

Ссылки

• Список литературы по гипертермофильным археям.