Святой Куниберт — католический святой, десятый епископ Кёльна, духовник короля Дагоберта I — заложил в Кёльне базилику Святого Климента, в которой он впоследствии и был похоронен.
В 1210 годупробст монастыря Куниберта Теодорих фон Вид (Theoderich II. von Wied[нем.]) — будущий второй архиепископ Трира — заложил на месте базилики Святого Климента новую церковь. Первым делом была сооружена крипта, которая служила не только усыпальницей Святого Куниберта, но и выполняла функции фундамента. В 1226 году было завершено строительство хора, а в 1247 году — за год до начала строительства Кёльнского собора — новая церковь была освящена архиепископом Конрадом фон Гохштаденом в честь Святого Куниберта.
В 1376 году во время пожара была уничтожена западная башня, которая была заново отстроена в готическом стиле.
В ходе второй мировой войны во время очередной бомбардировки Кёльна британской авиацией29 июня1944 года в результате прямого бомбового попадания была разрушена крыша церкви, западная башня и трансепт. Во время последующих бомбардировок церковь подверглась дополнительным разрушениям.
К восстановлению церкви приступили сразу после окончания войны. Как только была восстановлен южный боковой продольный неф, в нём стали проводить богослужения. Под руководством архитектора Карла Банда (Karl Band[нем.]) до 1955 года были восстановлены главный неф и хор церкви. Трансепт и западная башня были восстановлены только в конце 70-х годов, а полностью реставрационные работы были завершены в 1985 году.
16 января1998 годапапаИоанн Павел II присвоил церкви Святого Куниберта звание Малой папской базилики (лат.Basilica minor)[1].