Станция Нюкжа расположена на Транссибе, в 20 км к северо-западу от районного центра, посёлка городского типа Магдагачи, и в 15 км к юго-востоку от центра сельского поселения, села Гонжа.
В 1 км севернее станции проходит федеральная трасса Чита — Хабаровск.