Нуклеотидная последовательность

Распечатка электрофореграммы, полученной с помощью автоматического секвенатора

Нуклеотидная последовательность, генетическая последовательность  — порядок следования нуклеотидных остатков в нуклеиновых кислотах. Определяется при помощи секвенирования.

Для записи нуклеотидных последовательностей ДНК по рекомендации IUPAC используются символы латинского алфавита.[1]

  • A = аденин[2]
  • C = цитозин
  • G = гуанин
  • T = тимин
  • R = G A гуанин или аденин — пуриновые (purine) основания
  • Y = T C пиримидиновые (pyrimidine) основания
  • K = G T содержащие кето-группу
  • M = A C содержащие аминогруппу
  • S = G C «сильные» (strong), образующие 3 водородные связи
  • W = A T «слабые» (weak), образующие 2 водородные связи
  • B = G T C (любой, кроме A)
  • D = G A T (любой, кроме C)
  • H = A C T (любой, кроме G)
  • V = G C A (любой, кроме T)
  • N = A G C T (любой)

Символы, обозначающие неопределённость последовательности, необходимы, когда точная последовательность неизвестна, несущественна или известны разные её варианты.

Для записи последовательностей РНК обычно достаточно символов A, С, G, U (уридин).

Все последовательности записываются без пробелов, слева направо, от 5'-конца к 3'-концу.

Примечания

  1. ↑ Nomenclature for Incompletely Specified Bases in Nucleic Acid Sequences Архивная копия от 21 августа 2017 на Wayback Machine, NC-IUB, 1984.
  2. ↑ для удобства используются названия оснований, а не нуклеозидов

См. также