С 1977 года работал в Институте истории СССР АН СССР. После событий августа 1991 года перешёл на работу в архив Общего отдела ЦК КПСС, затем работал заместителем директора РЦХИДНИ. В апреле 1992 года, с момента образования Государственного архива Российской Федерации — крупнейшего в России — стал его директором.
Летом 2015 года у Мироненко произошёл публичный конфликт с министром культуры РФ Владимиром Мединским на почве разногласий в трактовке ряда фактов советской истории[7]. В частности, 22 июня 2015 года Мироненко на Всемирном конгрессе русской прессы в Москве, ссылаясь на общедоступные[8][9] документы, назвал мифом историю о подвиге 28 панфиловцев под Дубосековом (ноябрь 1941)[10][8][11][12]. Реагируя на комментарий главы Госархива, Мединский рекомендовал Мироненко сконцентрироваться на основной профессии, не давать собственных оценок архивным документам и добавил: «Если есть желание сменить профессию — мы это поймём». Впоследствии министр культуры пояснил свою реакцию тем, что, по его мнению, официальное выступление директора Госархива воспринимается не как позиция учёного, а как позиция государства[7]. 16 марта 2016 года Мироненко был отправлен в отставку с поста директора Госархива РФ[13][7]. Официально увольнение директора мотивировалось достижением предельного возраста для госслужащих в 65 лет. При этом Мироненко сохранил должность научного руководителя Госархива и пояснил, что решение об уходе принял самостоятельно и не видит в этом «ничего страшного»[13][14]. Многие связали отставку Мироненко с его конфликтом с министром[7].
Семья
Женат на историке-архивисте Марии Павловне Мироненко (род. 1951)[15], дочери историка С. В. Житомирской и лауреата Сталинской премии, доктора физико-математических наук П. А. Ямпольского.
Педагогическая деятельность
Читает курсы на кафедре истории России XIX — начала XX веков исторического факультета МГУ:
История России XIX — начала XX веков
Власть и освободительное движение в России в первой четверти XIX века
Российские императоры XIX — начала XX веков: личность и судьба
В 2000—2001 годах в качестве историка принимал участие в цикле передач «Архивные тайны» на канале РТР.
С 2007 года ведёт авторские телевизионные программы «Непростая история» и «Документальная история» на телеканале «Культура».
Награды
Орден Почёта (20 сентября2010 года) — за большой вклад в сохранение документального наследия народов Российской Федерации и многолетнюю добросовестную работу[16]
Орден Дружбы (5 февраля2024 года) — за большой вклад в развитие отечественной науки, многолетнюю плодотворную деятельность и в связи с 300-летием со дня основания Российской академии наук[17]
История Отечества: люди, идеи, решения. Очерки истории России IX — нач. XX вв. М., 1991 (сост.);
Государственный архив Российской Федерации: путеводитель. М., 1994—2004 гг., тт. 1—6 (отв. редактор);
A Lifelong Passion. Nicholas and Alexandra. Their own Story. L., 1996 (в соавт.);
Николай и Александра: любовь и жизнь. М., 1998 (в соавт. с А. Мейлунасом);
Сочинения и письма И. И. Пущина. М., 1999—2001, тт. 1—2 (совм. с М. П. Мироненко);
Восстание декабристов. Документы. Дела Верховного уголовного суда и Следственной комиссии. М., 2001 (редактор);
Переписка наследника престола цесаревича Александра Николаевича с императором Николаем I. 1838—1839. М., 2007 (редактор).
С. В. Мироненко. Александр I и декабристы: Россия в первой четверти XIX века. Выбор пути / под ред. Ароян Е. Р. — М.: Кучково поле, 2016. — 400 с. — ISBN 978-5-9950-0700-5.
С. В. Мироненко. Сто событий, которые изменили Россию. — М.: Кучково поле Музеон, 2019. — 624 с. — 2000 экз. — ISBN 978-5-907174-03-0.