Курганов Ф. А.Борьба папы Бонифация VIII с французским королем Филипом IV Красивым : [К истории происхождения так называемого 70-летнего вавил. плена и последовавшей за тем великой схизмы в папстве] : Речь орд. проф. Ф. Курганова на торжественном собр. Казан. духов. акад. 8 нояб. 1882 г. — Казань, 1882. — 150 с.
Курганов Ф. А. Император Константин Великий : (Речь, произнес. по случаю празднования 1600-лет. Константин. юбилея 14 сент. 1913 г.). — Казань : Центр. тип., 1913. — 52 с. — (Отт. из журн. «Православ. собеседник» за 1913 г.)
Курганов Ф. А. Император Константин Великий, святой, равноапостольный. — Казань : Тип. Совета раб. и солдат. деп., 1918. — (Отт. из журн.: Православ. собеседник. 1914—1917).
Курганов Ф. А. Император Константин Великий, святой, равноапостольный. Вып.1:. — 350+4 с.
Курганов Ф. А. Исторический очерк греко-болгарской распри // Православный собеседник. — 1873. — январь, февраль, май, июнь, июль, октябрь, ноябрь.
Курганов Ф. А.Наброски и очерки из новейшей истории румынской церкви : (К истории низложения румын. митр.-примата Геннадия Петреско). — Казань, 1899. — 1048+16 с. — (Напеч. также в: Казанский ун-т. Уч. зап. 1900, кн. 1, 3, 12; 1901, кн. 1-3, 10-12; 1902, кн. 4-6; 1903, кн. 1, 2, 12; 1904, кн. 1, 2)
Курганов Ф. А. Немецкий католицизм // Православный собеседник. — 1874. — III.
Курганов Ф. А. О церковном отлучении. — [СПб., 1889]. — 35 с. — (Отт. из журн. «Странник». 1889, № 3, 5).
Курганов Ф. А. Отношения между церковною и гражданскою властию в Византийской империи : Обзор эпохи образования и оконч. установления характера взаимоотношений между церков. и гражд. властию в Византии (325—565) / [Mit wissenschaftgeschicht. Vorwort von H. D. Döpmann]. — Leipzig : Zentralantiquariat der DDR, 1983. — 9+720+3 с. — (Subsidia Byzantina lucis ope iterata / Consilium edent. J. Irmscher etc. ; Vol. 15). — (Факс. изд.)
Курганов Ф. А. Отношения между церковной и гражданской властью в Византийской империи в эпоху образования и окончательного установления этих взаимоотношений (325—565 гг.) / вступ. ст. Г. Е. Лебедевой. — СПб. : О. Абышко, 2015. — 591 с. — (Библиотека христианской мысли. Исследования). — 1000 экз. — ISBN 978-5-903525-78-2
Курганов Ф. А. Свидетельствовал ли св. Ириней, епископ Лионский, о приматстве и непогрешимом учительстве Римской церкви, в частности — ее первосвященника? — Казань : типо-лит. Имп. ун-та, 1893. — 2+54 с.
[Курганов Ф. А. К истории Константинопольских патриархов : Отзыв о соч. г. Ивана Андреева: Константинопольские патриархи от времени Халкидонского собора до Фотия : Хронология этих патриархов и очерки жизни и деятельности важнейших из них : Вып. 1…, представл. на соискание премий высокопреосвящен. митрополита Макария при Святейшем Синоде.] — [СПб., 1900]. — 817—868 с. — (Отт. из «Христиан. чтения». Спб. 1900, вып. 11, с. 817—848; вып. 12, с. 1031—1051).
Курганов Ф. А. Критические заметки на книгу ректора Киевской духовной семинарии архимандрита Бориса: «История христианского просвещения в его отношениях к древней греко-римской образованности. Период второй. (313—529)». — Казань : типо-лит. Ун-та, 1893. — 2+78 с. — (Отт. из «Учен. зап. Казан. ун-та». 1892, кн. 6; 1893, кн. 1).
Пономарев П. П. Сорокалетие службы профессора Федора Афанасьевича Курганова. — Казань : Центр. тип., 1911. — 33 с. — (Отт. из журн. «Правосл. собеседник» за 1911 г.).