Отряд копытных (Ungulata) ввёл в систематику Карл Линней в 1766 году. В XIX веке он был разделён на отряды парнокопытных (Artiodactyla), непарнокопытных (Perissodactyla), даманов (Hyracoidea) и хоботных (Proboscidea).
Современные филогенетические исследования свидетельствуют о том, что копытные в традиционном составе являются полифилетической (искусственной) группой, поскольку непарнокопытные с парнокопытными и даманы с хоботными относятся к разным эволюционным ветвям плацентарных млекопитающих, а их внешнее сходство обусловлено конвергенцией. Поэтому в настоящее время Ungulata обычно больше не выделяется в современных системах классификации и разделяется на две независимые клады: полукопытных (Paenungulata), к которым относят даманов, хоботных и сирен, и собственно копытных (Euungulata, буквально — «настоящие копытные»), куда включают непарнокопытных и китопарнокопытных (объединяет бывшие отряды парнокопытных и китообразных). Приставка др.-греч.εὖ ‘хорошо’ в названии Euungulata указывает на сужение объёма таксона в сравнении с Ungulata[6].
В соответствии с принципами альтернативного номенклатурного кодекса ФилоКода таксон копытных (Ungulata) в объёме «настоящих копытных» напротив имеет приоритет над Euungulata. Archibald, 2020 определил Ungulata как наименее инклюзивную (наименьшую) кладу, включающую Bos primigeniusBojanus, 1827 и Equus ferusBoddaert, 1785[4].