По мнению историка Уильяма Скена[англ.], предком клана является Кеннет Мак-Алпин, сын Алпина II[1]. Ранее считалось, что Кеннет был гэлом, но недавние исследования показали, что на самом деле он был пиктом — таким образом, клан Маккиннон изначально является пиктской династией[2]. Иэйн Монкрейфф считал, что Маккинноны в родстве со святым Колумбой, отмечая, что на гербе клана изображена рука святого, держащая крест, и что несколько Маккиннонов были айонскими аббатами[3].
О ранней истории клана известно мало, но исследователь Уильям Скен предполагает, что Маккинноны служили островным лордам[1], в 1493 году добились некоторой независимости[1] и, возможно, воевали или же союзничали с соседними кланами, например, кланом Маклин или кланом Макдональд[4].
В XVII—XVIII веках Маккинноны поддерживали якобитов; кроме того, существует мнение, что их вождь помогал бежать во ФранциюКарлу Эдуарду Стюарту[5]. За помощь якобитам клан потерял последние из своих древних владений[5].
