Родился 27 мая (8 июня) 1817 года[1] в дворянской семье. Его отец, коллежский секретарь Иван Андреевич Истомин, служил секретарём в Эстляндской казённой палате. Был самым младшим ребёнком. Четверо его старших братьев также служили во флоте: Константин и герой обороны СевастополяВладимир дослужились до адмиральских чинов; Александр Истомин погиб во время шторма на кронштадтском рейде в 1832 году будучи кадетом Морского кадетского корпуса; Андрей Истомин погиб в 1842 году при крушении корабля «Ингерманланд».
С 21 сентября 1826 года — кадет Морского корпуса; 15 января 1832 года был произведён в гардемарины; 10 января 1834 — в мичманы. Дальнейшая служба:
1834—1837 гг. — на линейном корабле «Память Азова» крейсеровал в Балтийском море.
1853, 21 августа — командуя тем же корветом, вышел из Кронштадта для крейсерских плаваний в Охотском море. По причине повреждения судна во время штормов 14 сентября и 12 сентября был вынужден вставать на ремонт, и в итоге 21 декабря корвет оказался в голландском порту Флиссинген, где был позже продан в силу «неблагонадежности к дальнему плаванию», а команда при этом отбыла в Ригу.
1854, 10 февраля 1854 года за «неосновательное удостоверение в благонадёжности» корвета «Наварин» в дальнем плавании, от имени императора Истомину был объявлен «строжайший выговор со внесением в формуляр»[2]. 10 июня 1854 года назначен командиром Рижского батальона гребной флотилии[3]. В том же году, командуя Рижской гребной флотилией, с 4 апреля по 13 ноября находился при защите города. Награждён орденом Св. Анны 2-й степени.
22 сентября 1857 года «за 25 лет и бытность в сражениях» награждён орденом орденом Св. Владимира 4-й степени с бантом.
21 июля 1858 года назначен командиром корвета «Баян» с переводом в 21-й флотский экипаж[4]. 1858—1859 гг. — командуя винтовым корветом «Баян» и перейдя из Кронштадта, находился в Средиземном море
1858 — награждён нидерландским орденом Вильгельма 3-й степени и, а также неаполитанским военным орденом Св. Георгия и Воссоединения за помощь, оказанную в Палермо неаполитанским судам во время бури.
