В свой первый рейс фирменный поезд «Вологодские зори» № 59/60 отправился в конце мая 1978 года[2] (по другим данным — в июне 1979[5]. В 1990-е годы вагоны состава были выкрашены в зелёный цвет с «надоконным поясом» и тамбурными дверьми голубого цвета. Надпись «Вологда» на боковинах вагонов была нарисована[a] и выполнена белой краской[6][7].
В состав поезда входили вагоны СВ, купейные и несколько плацкартных, в 2010-х они были заменены на вагоны повышенной комфортности экономкласса. Все годы курсирования состав обслуживал вагон-ресторан.
В Москве поезд отправлялся и прибывал на Ярославский вокзал. С 2010 года несколько вагонов из состава поезда были оборудованы для удобства «инвалидов-колясочников» и других категорий маломобильных пассажиров[8].
С 2013 года поезд «Вологодские зори» объединялся с фирменным пассажирским составом «Шексна», однако впоследствии был исключён из расписания и расформирован «до особого распоряжения». По утверждению представителя пресс-службы Вологодского региона Северной железной дороги:
Фирменный поезд «Вологодские зори» назначается только перед большими праздниками (к примеру, в канун Нового года), когда в стране возрастает пассажиропоток…
↑На некоторых фирменных и именных поездах, буквы их наименования, которые крепились на боковинах, в верхней части вагона — изготавливались из цветных металлов или пластмасс