Название станции дано по рядом протекающей реке — Большая Омутная. Название эвенкийского происхождения, сильно искаженное русскими, создает впечатление о русскоязычном происхождении названия от слова «омут» — глубокое место в водоеме. На самом же деле название от эвенкийского «амут» — озеро; река образует много проточных озёр[2].