Команда «Аван Академия» была создана летом 2017 года Рубеном Айрапетяном и состояла из выпускников Ереванской футбольной академии и игроков «Пюника» различных возрастных групп. Команду, заявившуюся в Первую лигу, возглавил бывший тренер «Пюника» Артак Осеян[2]. В декабре 2017 президент группы компаний «Ташир» россиянин Самвел Карапетян стал владельцем клуба и переименовал его в «Арарат Москва»[3][4]. В июне 2018 года стало известно, что объединённая с российским клубом «Арарат» Москва и переименованная в «Арарат-Армения» команда примет участие в чемпионате Армянской Премьер-лиги сезона 2018/19. В июне 2018 года главным тренером был назначен Андраник Бабаян[5], однако за три дня до старта чемпионата был уволен. Новым главным тренером стал Вадим Скрипченко, который пробыл на этом посту менее двух месяцев и был отправлен в отставку руководителями клуба, которых не устроили результаты команды[6]. С октября 2018 команду стал тренировать Вардан Минасян, незадолго до этого покинувший сборную Армении[7].
«Арарат-Армения» выиграл чемпионат 2018/19, опередив на одно очко «Пюник», в розыгрыше кубка дошёл до полуфинала. В матче за Суперкубок Армении 2019 со счётом 3:2 в дополнительное время был обыгран «Алашкерт». В сезоне 2019/20 дошёл до финала кубка, где 10 июля 2020 года уступил «Ною» — 5:5 в д. в. (основное время — 4:4), по пенальти — 6:7, а 14 июля, победив в очном противостоянии «Ной», который также претендовал на титул, повторил прошлогоднее достижение, став чемпионом Армении[8].
С сезона 2018/19 в первенстве Первой лиги участвует вторая команда клуба — «Арарат-Армения-2»[9].
