Образован приказ в Воронеже в 1696 году, для строительство кораблей армейского флота и устройства заводов морской артиллерии в России, во главе которого был поставлен А. Протасьев, а затем, с 1700 года, «адмиралтейские и корабельные дела» переданы Ф. М. Апраксину, с присвоением ему звания адмиралтейца, и назначением азовским губернатором, с главной задачей по строительству Воронежского флота.
прекращена была кораблестроительная деятельность кумпанств, оказавшаяся на практике весьма неудовлетворительною. Запутанность в делах и ссоры кумпанств между собою вызвали (1700 г. 20 апреля) указ об окончательном с ними расчете и об определении постоянной суммы на содержание флота.
Приказ также с 1702 года руководил кораблестроительными верфями на реке Сясь, в Лодейном Поле и Новой Ладоге, Олонецкой верфью, а с 1706 года, и на реке Нева.
«…адмиралтейцу Федору Матвеевичу Апраксину со товарищи… Великий государь указал нотной науки учеников двадцать девять человек, которые ведомы были в приказе казанского дворца, отослать в адмиралтейский приказ для учения на гобоях…»
За период с 1701 года по 1710 год общая сумма реальных расходов Адмиралтейского приказа на строительство, вооружение, оснащение, снабжение и обучение составила 2 023 224 рубля, то есть в 2/3 государственного бюджета России, в 1701 году.
С 1712 года основные функции Адмиралтейского приказа разделены и переданы Адмиралтейской канцелярии, занимавшейся поставкой кораблей, судов, их вооружением, снабжением, ремонтом, и Военно-морской канцелярии, ведавшей личным составом флота, а сам приказ преобразован в её хозяйственный орган — Московскую адмиралтейскую контору.
Руководитель (года)
Руководитель приказа имел звание Адмиралтеец, на него было возложено: «составление росписей, отвод лесов, нужных, как материал для постройки, и наблюдение за самой постройкой кораблей»:
С. Елагин, История русского флота. Период Азовский, издание 1864 года и 2 тома приложений.
В. Чубинский, Историческое обозрение устройства управления морским ведомством в России. Издание 1869 года. Материалы для истории русского флота, тома I, II, III и IV, СПб.;
Ф. Ф. Веселаго, Очерк русской морской истории, ч. 1, СПб, 1875, с. 440 — 446.