Ex Agente (Chefe Gibbs durante a transição do NIS para NCIS)
Ep.15
Clay Boyd
Lance Henriksen
Sheriff
Ep.17
Episódios
A sexta temporada de NCIS foi composta principalmente por episódios isolados, sendo um deles duplo, o piloto da série "spin-off" NCIS:Los Angeles. Os dois únicos arcos da temporada envolveram a descoberta de uma traidora na equipe, a agente Lee (episódios 6.8 e 6.9) e os dois últimos episódios, que resultaram na saída da Agente Ziva David do NCIS e seu retorno ao Mossad, concluindo com um "cliffhanger" em que ela é feita prisioneira por um terrorista. Há ainda episódios centrados em Gibbs ("Capitol Offense", "Heartland"), em Tony ("Agent Afloat", "Bounce"), Abby ("Toxic"), McGee ("Caged"), Ducky ("Broken Bird") e no Diretor Vance ("Knockout").
Enquanto investiga o suicídio misterioso de um tenente da marinha a bordo de um porta-aviões, DiNozzo descobre que o suicídio pode ser, na verdade, parte de um esquema ainda mais mortal.
Quando o senador Patrick Kiley procura a ajuda de Gibb para solucionar o assassinato de um jovem oficial da Marinha, a equipe de NCIS encontra-se perdida no mundo da política em Washington. Enquanto isso, Abby sente-se ofendida quando alguém rouba seu bolinho.
Enquanto participam da caçada ao assassino cruel de um marinheiro, a equipes de NCIS e Gibbs encontram-se novamente trabalhando com o agente do FBI, Fornell.
Personagem recorrente:Joe Spano como Agente do FBI Fornell.
A equipe enfrenta um assalto a banco que termina com assassinato, e Gibbs duvida de suas habilidades quando um novato é designado para ajudar na investigação.
Personagem recorrente: Liza Lapira como Agente do NCIS Michele Lee
A equipe NCIS deve revelar a verdade por trás do assassinato de um guarda presidiário que resultou numa rebelião na prisão. McGee termina virando refém dos detentos.
A equipe NCIS investiga o assassinato bizarro de um capitão da Marinha, que levava uma vida privada suspeita e que pode ter sido a razão por que ele foi assassinato.
A equipe NCIS se envolve com uma gangue urbana, enquanto investiga a morte de um oficial da Marinha. Gibbs deve encarar seu passado mais uma vez quando encontra uma mensagem na cena do crime.
Personagem recorrente:Muse Watson como Mike Franks.
Quando uma criança descobre uma arma com a qual alguém foi morto, a família inteira termina ficando sob investigação, enquanto a equipe NCIS precisa descobrir quem foi o último a usar a arma e quem foi baleado por ela.
Abby é chamada para substituir um cientista do governo que desapareceu enquanto trabalhava em um projeto ultra-secreto, e a equipe teme que sua vida está em perigo.
Gibbs e McGee trabalham com o Escritório de Projetos Especiais da NCIS de Los Angeles para solucionar o assassinato de um marinheiro, e a investigação se transforma em um caso de segurança nacional.
Quando um agente é morto após uma falha na segurança da residência do SecNav, a equipe de NCIS é forçada a trabalhar ao lado do FBI e do ICE (Immigration and Customs Enforcement) para solucionar o caso. Enquanto isso, Tony encara Rivkin.
Personagem recorrente: Joe Spano como Agente do FBI Fornell.
Depois do confronto entre Tony e Rivkin, a equipe de NCIS vai até Tel Aviv em Israel, onde não são bem-recebidos pelo pai de Ziva, o líder do Mossad. Gibbs deve tomar uma decisão importante quando a situação fica tensa.
Personagem recorrente:Michael Nouri como Diretor do Mossad Eli David.
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