As eleições estaduais no Amapá em 1998 aconteceram em 4 de outubro como parte das eleições gerais no Brasil. Nesta ocasião, foram realizadas eleições em todos os 26 estados brasileiros e no Distrito Federal.
Os votantes escolheram candidatos para os cargos de Presidente da República, o Governador e um Senador por estado, além de deputados estaduais e federais. Para o Palácio da Alvorada, Fernando Henrique Cardoso (PSDB) foi eleito no primeiro turno com mais de 53% dos votos. Já para o Palácio do Setentrião, houve segundo turno entre João Capiberibe (PSB) e Waldez Góes (PDT), pois nenhum candidato ao cargo obteve mais da metade do votos válidos no primeiro turno.[1]
Com o crescimento da força eleitoral do PSB nas eleições municipais de 1996 — o partido elegeu 164 prefeitos contra 114 do PT —, vários candidatos a governos estaduais foram lançados pelos socialistas. Inicialmente contrário à emenda da reeleição, aprovada em 1997, no ano seguinte Capiberibe candidatou-se novamente ao governo do Amapá, na legenda do PSB, e foi eleito no segundo turno, derrotando o candidato do PDT, Waldez Góes. Na mesma ocasião Janete Capiberibe conquistou seu terceiro mandato na Assembleia estadual. O segundo governo de João Capiberibe se estendeu até 2002, quando renunciou para concorrer ao Senado Federal.
Após a derrota, Waldez foi para o estado do Rio de Janeiro no ano de 1999, a convite do colega de partido e recém eleito governador do Rio de Janeiro, Anthony Garotinho, para colaborar com a sua administração.
Pelo grupo do ex-presidente José Sarney, o candidato foi o senador Gilvam Borges, porém o poder do líder do PMDB não transfere votos para seu aliado, e pela terceira vez seguida, o grupo fica de fora da decisão pelo governo do estado.
Mesmo com revés para o governo, José Sarney foi eleito para o segundo mandato para o senado pelo estado do Amapá. Um dos fatores decisivos da vitória do maranhense, é a aproximação com o grupo de Waldez Góes.
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