Ahmed liderou uma guerrilha na década de 1970 contra o ditador somali Siad Barre. Na década de 1990, Ahmed era visto como um líder dentro da Puntlândia. Em 5 de maio de 1998, ele e outros guerrilheiros declaram a independência da Puntlândia e, em 23 de julho deste ano, tornou-se Presidente da Puntlândia, expirando seu mandato em 1 de julho de 2001. Mesmo com o término do seu mantado, Ahmed continuou declarando a si mesmo presidente e pouco depois iniciou uma campanha militar contra a nova presidência da Puntlândia, conquistando em maio de 2002 a capital e sendo novamente reconhecido como Presidente. Sofreria rebeliões até 2003. Em 14 de outubro de 2004, Ahmed abandonou o cargo para converter-se em Presidente da Somalia, após sua eleição em uma reunião do Parlamento de Transição Federal instalado em Nairóbi, Quênia. Nesta ocasião, sucedeu a outro presidente somali de transição, Abdiqasim Salad Hassan.
Presidência
Desde sua nomeação presidencial e a criação do Governo de Transição Federal, Ahmed trabalhou para unir o país e obter ajuda internacional e da Etiópia, acusada muitas vezes de manter vivo o conflito na Somália (Guerra Civil Somali). Após formar o governo com ministros, com muitas desavenças internas, e sem poder se transferir para Mogadíscio, capital somali, em poder da União das Cortes Islâmicas, seu governo de transição foi finalmente reconhecido pelas Nações Unidas, porém, permaneceu em exílio. Ahmed sofreu em 18 de setembro de 2006, uma fracassada tentativa de assassinado, onde perdeu um irmão.