No início de 2003, ele se mudou para a equipe francesa DAMS para se tornar o diretor administrativo e técnico, incluindo a operação da A1 Team França.[5]
Após a temporada de 2009, a equipe Renault F1 Team foi comprada pela empresa de investimentos Genii Capital. Uma das principais figuras da Genii é Gérard Lopez, que era um grande patrocinador da Gravity Sport. Em 5 de janeiro de 2010, Boullier foi anunciado como o novo chefe da equipe, apesar de nunca ter trabalhado na Fórmula 1 anteriormente.
A Renault F1 Team terminou em quinto no Campeonato Mundial de Construtores em 2010 e, após a retirada da Renault, a recém-renomeada equipe Lotus Renault GP terminou em quinto no Campeonato Mundial de Construtores em 2011. Boullier permaneceu nesse cargo mesmo após a equipe se transformar na Lotus F1 Team, em 2012, onde ele ficou até a temporada de 2013.
Em 24 de janeiro de 2014, Boullier renunciou ao cargo de chefe de equipe da Lotus F1 Team Limited.[6] Com isso, Gérard Lopez assumiu responsabilidades como chefe da equipe Lotus F1 com efeito imediato.[7]
Em 29 de janeiro de 2014, Boullier foi nomeado diretor de corrida da equipe de Fórmula 1 da McLaren[8] por Ron Dennis, presidente e diretor executivo do McLaren Group.[9] O anúncio foi feito como parte de uma revisão maior da gerência sênior na unidade de corrida do McLaren Group. Ele permaneceu nesta função até 4 de julho de 2018, quando a equipe britânica anunciou sua renúncia.[10]
Em fevereiro de 2019, foi anunciado que Boullier assumiria uma nova função em sua carreira, ao fazer parte da organização do Grande Prêmio da França.[11]
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