Šokota do Dinama Zagrzeb trafił w wieku 20 lat. Wcześniej był graczem małych klubów z przedmieść Zagrzebia – ONS Hitrec-Kacian i NK Samobor. W Dinamie zadebiutował w 1997 roku i przez cały sezon zdobył cztery bramki. Po kilku latach przyciągnął uwagę klub z zachodu Europy. Šokota w Dinamie spędził 4 sezony, podczas których 3-krotnie z rzędu został mistrzem kraju (1998–2000). Do tego zdobył 1 raz Puchar Chorwacji w 1998. Dwukrotnie zostawał także królem strzelców Prva HNL (w sezonie 1999/2000 – 21 goli, w sezonie 2000/2001 – 20 goli).
Latem 2001 przeszedł do portugalskiejBenfiki Lizbona. Włodarze Benfiki zapłacili wówczas za Chorwata sumę w wysokości 1,5 miliona euro. Šokota z początku miał problemy z aklimatyzacją w Portugalii. W pierwszym sezonie wystąpił 6-krotnie. W sezonie 2003/2004 został podstawowym zawodnikiem klubu i grał w ataku obok takich zawodników Nuno Gomes czy Simão Sabrosa. Jednak w następnym sezonie konkurencja wzrosła. Przyszli między innymi: NorwegAzar Karadaş czy CzarnogórzecAndrija Delibašić. Dodatkowo pod koniec 2004 roku odmówił podpisania nowego kontraktu z Benfiką i został relegowany do rezerw klubu. W czerwcu 2005 jego kontrakt wygasł i Šokota na zasadzie wolnego transferu przeszedł do odwiecznych rywali Benfiki, FC Porto. W Porto także nie wywalczył miejsca w składzie i w sezonie 2005/2006 rozegrał w lidze 2 mecze, zaś rok później jeden. Latem 2007 piłkarz wrócił do ojczyzny i ponownie został piłkarzem stołecznego Dinama Zagrzeb.
W portugalskim etapie kariery Šokoty największymi sukcesami było zdobycie mistrzostwa Portugalii z Benfiką w 2005 roku oraz z FC Porto w 2006, Puchar Portugalii z Benfiką w 2004 i z Porto w 2004. Zdobył też wicemistrzostwo kraju z Benfiką, w 2004.
W pierwszym sezonie po powrocie Šokota zagrał w 14 ligowych spotkań, zdobył pięć bramek. Rok później wystąpił już w sześciu meczach. Po dwóch sezonach spędzonych w stolicy Chorwacji, Šokota przeszedł do belgijskiegoKSC Lokeren. W klubie tym zadebiutował 1 sierpnia 2009 roku w meczu z SV Zulte-Waregem. W sezonie 2010/2011 grał w słoweńskiej Olimpiji Lublana, w której zakończył karierę.
W reprezentacji Chorwacji Šokota zadebiutował 15 listopada 2003 roku w zremisowanym 1:1 meczu z reprezentacją Słowenii w barażu o awans do Euro 2004. Został potem także powołany do 23-osobowej kadry na same mistrzostwa, na których zagrał 3-krotnie. Obecnie Šokota jest poza kadrą w której rozegrał 8 spotkań i strzelił dwa gole.