Przed 1939 działacz młodzieżowych organizacji wiejskich, podczas II wojny światowej uczestnik ruchu oporu (Bataliony Chłopskie). W latach 1945–1957 pracował w spółdzielczości wiejskiej, był m.in. dyrektorem handlowym zarządu głównego Centrali Rolniczych Spółdzielni „Samopomoc Chłopska”. Od 1950 adwokat.
Był posłem na Sejm PRLV, VI, VII, VIII i IX kadencji w latach 1969–1989, wielokrotnie przewodniczył komisjom sejmowym – Komisji Leśnictwa i Przemysłu Drzewnego (1980–1984), Komisji Rolnictwa, Gospodarki Żywnościowej i Leśnictwa (1984–1985), Komisji Skarg i Wniosków (1985–1987) oraz Komisji Prac Ustawodawczych (1987–1989).
Zasłużony działacz środowiska łowieckiego, był m.in. członkiem Prezydium Naczelnej Rady Łowieckiej, a także członkiem i wiceprezesem zarządu głównego Polskiego Związku Łowieckiego. Był również wieloletnim członkiem Rady Naczelnej Związku Bojowników o Wolność i Demokrację. W 1982 wszedł w skład Społecznego Komitetu Budowy Pomnika Wincentego Witosa w Warszawie, który został odsłonięty w 1985[1].
W 2004 wydał dwie książki. Pierwszą z nich zatytułował Spod niskich pował do szczytów władz i poświęcił ją swojemu życiu zawodowemu. W drugiej – Historia rodu Kołodziejów od połowy XIX w. – pokrótce przedstawił wszystkich członków swojej licznej rodziny.
Dnia 12 października 2011 Sąd Okręgowy w Warszawie uznał Emila Kołodzieja za winnego przestępstwa. Były członek Rady Państwa PRL przekroczył uprawnienia, głosując w 1981 za uchwaleniem dekretów o stanie wojennym.