Karierę rozpoczynał w klubie LZS Alces Długie. W połowie 2004 trafił do Stali Sanok[1] (inicjatorem jego sprowadzenia był – mimo zbieżności nazwisk niespokrewniony z nim – najlepszy strzelec w historii sanockiego klubu i także zawodnik LZS Długie, Jerzy Pietrzkiewicz[2]). Wraz z drużyną występował na boiskach III i IV ligowych. Jesienią 2006 osiągnął ze Stalą sukces awansując w ramach rozgrywek Pucharu Polski do 1/8 finału edycji 2006/2007. Stal wyeliminowała wówczas KSZO II Ostrowiec Św., Polonię Bytom i sensacyjnie ówczesnego mistrza Polski Legię Warszawa, jednak ostatecznie doznała porażki z Arką Gdynia (padł wynik 0:1 po dogrywce, a Pietrzkiewicz nieszczęśliwie stracił gola na dwie minuty przed końcem doliczonego czasu gry[3]).
Po trzech latach gry w Stali jego kontrakt wygasał po sezonie 2006/2007, w którym Stal została zdegradowana z III ligi[4]. Udane występy zaowocowały zainteresowaniem ze strony klubów z wyższych lig. Ostatecznie po udanych testach i zgodzie klubu z Sanoka, w połowie 2007 dokonano transferu Pietrzkiewicza do Polonii Warszawa[5][6]. Zawodnik podpisał kontrakt ze stołecznym klubem w lipcu 2007[7]. W nowej drużynie został zmiennikiem pierwszego bramkarza Czarnych Koszul, Radosława Majdana. W klubie trenował pod okiem Jarosława Bako. W sumie rozegrał trzy mecze w najwyższych rozgrywkach (dwa w Pucharze Polski i jeden ligowy), a poza tym występował w zespole Młodej Ekstraklasy oraz w ramach Pucharu Ekstraklasy.
W trakcie sezonu 2008/2009 w styczniu 2009 powrócił do Stali Sanok. W tym sezonie sanocka drużyna ponownie udanie występowała w Pucharze Polski i osiągnęła największy sukces w historii klubu tym razem docierając do 1/4 finału Pucharu Polski edycji 2008/2009. W tej fazie Stal uległa w dwumeczu Legii Warszawa (1:3 i 1:1)[8], a Pietrzkiewicz wraz z drużyną ponownie zaliczył udane występy w rywalizacji z utytułowanym klubem.
Następnie w czerwcu 2009 podpisał umowę z czeskim klubem Baník Ostrawa (zwolennikiem podpisania kontraktu z bramkarzem był znany trener Verner Lička)[9]. W klubie od początku trenował u boku wybitnego czeskiego bramkarza, Pavela Srníčka.
We wrześniu 2010 Baník wypożyczył Pietrzkiewicza do słoweńskiego klubu NK Primorje, który jednakże przed końcem okresu wypożyczenia w styczniu 2011 zrezygnował z niego (w barwach tego zespołu bramkarz wystąpił w 10 spotkaniach ekstraklasy 1. SNL tracąc w nich 22 gole[10]).
W kwietniu 2011 przedłużył o dwa lata kontrakt z Baníkiem[11]. W trakcie sezonu rozgrywek 2011/20121. Gambrinus ligi występował regularnie w barwach zespołu[12]. Ponadto dzięki jego postawie drużynie udało się awansować do 1/4 finału Pucharu Czech[13] (w ćwierćfinale Baník uległ w dwumeczu późniejszemu zdobywcy Pucharu, Sigmie Ołomuniec). Wraz z Baníkiem ukończył sezon na 14. pozycji (tuż nad strefą spadkową). Następnie rozwiązał kontrakt z klubem.
Na początku sierpnia 2012 podpisał umowę z azerskim klubem Simurq Zaqatala[14]. Wraz z nim od tego czasu w klubie występuje inny Polak, Marcin Burkhardt. W rundzie zasadniczej sezonu 2012/2013Premyer Liqa Pietrzkiewicz wystąpił w 18 meczach, tracąc 10 goli, zaś w rundzie mistrzowskiej zagrał 9 spotkań tracąc, 9 goli. W jednym meczu został ukarany czerwoną kartką. Jego drużyna zajęła czwarte miejsce w sezonie. W połowie czerwca 2013 został zawodnikiem innego azerskiego klubu, FK Qəbələ[15]. 2 sierpnia 2013 zadebiutował w nowym klubie w pierwszej kolejce sezonu 2013/2014 w wygranym meczu z Bakı FK 2:1[16]. Łącznie w sezonie wystąpił w 10 meczach i zajął drużyną trzecie miejsce w lidze. W Pucharze Azerbejdżanu dotarł z ekipą do finału, gdzie uległ w rzutach karnych (Pietrzkiewicz nie zagrał w tym meczu – pierwszym bramkarzem w pucharze i lidze był Kamran Ağayev[17]). Odszedł z klubu po zakończeniu sezonu 2013/2014.
Od połowy 2014 przebywał na testach w polskich klubach[18][19][20]. W kwietniu 2015 został trenerem bramkarzy grup juniorskich oraz trampkarskich Ekoball Sanok[21]. Od lipca 2015 ponownie zawodnik azerskiego klubu FK Qəbələ[22]. W sezonie 2015/2016 rozegrał trzy mecze ligowe. Ponadto 5 listopada 2015 w rozgrywkach Grupy C Ligi Europy UEFA 2015/2016 wystąpił w meczu wyjazdowym przeciw Borussii Dortmund, przegranym 0:4[23][24]. W edycji ligi azerskiej 2016/2017 rozegrał jedno spotkanie. 22 sierpnia 2017 podpisał roczny kontrakt z Sandecją Nowy Sącz, beniaminkiem Lotto Ekstraklasy 2017/2018[25]. W sezonie wystąpił w jednym spotkaniu, a po jego zakończeniu odszedł z klubu[26]. W sezonie 2018/2019 pozostawał bez przynależności klubowej, a 18 października 2019 ogłoszono jego transfer do Rakowa Częstochowa, gdzie trafił w związku z kontuzją Michała Gliwy i podpisał kontrakt do 30 czerwca 2020[27]. W styczniu 2020 przeszedł do Stali Stalowa Wola w II lidze[28]. Po rundzie wiosennej sezonu jego drużyna została zdegradowana do III ligi[29], a Pietrzkiewicz odszedł z klubu, mimo że jego kontrakt był ważny jeszcze przez rok[30]. Od października 2020 ponownie zawodnik Sandecji[31]. Pod koniec 2021 ogłoszono przedłużenie jego kontraktu do końca czerwca 2024[32].
Zyskał przydomek Pietia[33] (taki sam pseudonim nosił wspomniany wyżej Jerzy Pietrzkiewicz[34]).