In mei 1523 maakte Tausen in Wittenberg persoonlijk kennis met Maarten Luther en diens leer. Nadat bekend was geworden dat Tausen lutheraan was geworden, werd hij vanuit Antvorkskov doorverwezen naar het klooster in Viborg. Omdat hij zich niet meer beschermd voelde door de Maltezer orde, legde hij zijn religieuze habijt af en vroeg de burgers om bescherming. Dankzij de vestiging van een drukkerij werden Tausens reformatorische geschriften ook naar andere steden in Jutland verspreid.
Op verzoek van de koning ging Tausen naar Kopenhagen, waar hij predikte en veel toeloop kreeg. In 1542 wijdde Johannes Bugenhagen Tausen tot bisschop van Ribe, waar hij 20 jaar lang werkte als prediker en schrijver. Voor de Dom van Ribe staat tegenwoordig een standbeeld van Tausen, en in 2004 werd er ter gelegenheid van het 475-jarig bestaan van de Reformatie een gedenkteken voor Tausens huis onthuld.