Cornelis Vlot was bedrijfseconoom van beroep en voorzitter van het Nederlands Jongeren Verbond. Ook was hij gewestelijk commissaris van de Nederlandse Unie in de provincie Utrecht. Hij raakte betrokken bij de illegaliteit nadat de Nederlandse Unie in december 1941 op last van de bezetter werd ontbonden. Om de contacten tussen de leden van de nu verboden Unie in stand te houden, begon Vlot in mei 1942 samen met J.E.W. Wüthrich voor die leden een landelijk informatieblad, het Bulletin genaamd. Dit ging in februari 1943 op in Je Maintiendrai, een ander illegaal blad. In augustus 1944 ontdekte de Sicherheitspolizei in Utrecht het hoofdkwartier van Je Maintiendrai, hetgeen ertoe leidde dat Vlot werd gearresteerd.
Op 26 oktober 1944 werd hij samen met negen anderen vanuit het AmsterdamseHuis van Bewaring aan de Weteringschans, waar allen werden vastgehouden, per vrachtwagen naar Haarlem overgebracht en aan de voet van de Sint-Bavokathedraal doodgeschoten. Deze executies waren onderdeel van een Duitse represaillemaatregel voor de dood van de politieman Fake Krist, die de dag ervoor door het Haarlemse verzet was geliquideerd.
Vlot werd gecremeerd in het Crematorium Velsen op de begraafplaats Westerveld. Zijn as werd verstrooid.
"voor onder gevaarlijke omstandigheden betoonden moed, inititatief, volharding, offervaardigheid en toewijding in den strijd tegen den overweldiger van de Nederlandsche onafhankelijkheid en voor het behoud van de geestelijke vrijheid, daarbij in hem eerende een der uitingsvormen van het verzet, dat in zijn veelzijdige activiteit van 15 Mei 1940 tot 5 Mei 1945 in stijgende mate den vijand heeft geschaad en op onvergetelijke wijze tot de bevrijding van het Vaderland heeft bijgedragen".
Jong, Dr. L. de (1974) Het Koninkrijk der Nederlanden in de Tweede Wereldoorlog. Deel 5: Maart '41 - Juli '42 (eerste helft). Editie 1995. Den Haag: SDU Uitgeverij Koninginnegracht/Amsterdam: Boom. ISBN 90-12-08220-X
Jong, Dr. L. de (1976) Het Koninkrijk der Nederlanden in de Tweede Wereldoorlog. Deel 7: Mei '43 - Juni '44 (tweede helft). Editie 1995. Den Haag: SDU Uitgeverij Koninginnegracht/Amsterdam: Boom. ISBN 90-12-08220-X