Patriarch Constantijn VI werd geboren in 1860 in het TurksePrusa geboren als Konstantinos Arapoglou. Na het vrij onverwachte overlijden van patriarch Gregorius VII werd hij in 1924 verkozen als een tijdelijke overgangspatriarch. Toen hij één jaar later door de Turkserepublikeinse partij naar Griekenland werd verbannen, legde hij zijn ambt neer. Hij werd opgevolgd door patriarch Basilius III.
Patriarch Constantijn VI stierf in ballingschap in Athene in 1930.