Tijdens zijn patriarchaat werd het Verdrag van Lausanne getekend. Daardoor werd de meerderheid van de Griekssprekende bevolking in Turkije naar Griekenland uitgewezen. De Patriarch van Constantinopel en de rest van de hogere orthodoxe clerus in Turkije vormden een uitzondering op dat verdrag. In 1925 erkende Basilius III de Kerk van Roemenië als een afzonderlijk patriarchaat.