Bawang merah (Allium ascalonicum L.) merupakan komoditas sayuran yang mempunyai nilai ekonomi tinggi dan telah dibudidayakan di berbagai wilayah di Indonesia. Salah satu provinsi yang menjadi sentra budidaya adalah Nusa Tenggara Barat. Bawang merah memiliki beberapa varietas unggulan salah satunya varietas Super Philip. Produksi bawang merah varietas super philip yang dibudidayakan di Desa Montong Tangi, Kabupaten Lombok Timur sering mengalami penurunan terutama pada tahap pasca panen ketika disimpan di gudang penyimpanan. Penelitian ini merupakan penelitian deskriptif kualitatif yang bertujuan untuk mengisolasi dan mengidentifikasi fungi penyebab pembusukan pada bawang merah (Allium ascalonicum L. var. Super Philip) saat pasca panen di gudang penyimpanan. Isolasi fungi dilakukan dengan metode penanaman langsung dan diidenifikasi berdasarkan karakteristik morfologi makroskopis dan mikroskopis. Hasil penelitian menunjukkan terdapat 4 isolat fungi yang diduga merupakan genus Fusarium, Aspergillus, Mucor, dan Sclerotinia. Keempat fungi tersebut ditemukan menyerang pada semua bagian akar, batang dan umbi lapis bawang merah var. super philip dan menyebabkan pembusukan pada pasca panen.