減速プロセスの開始時にはまだエネルギーが高く、イオンは主に電子的に減速されながらほぼ直線的に進む。イオンが十分に減速すると、原子核との衝突(核的阻止)が起こりやすくなっていって最終的に減速過程を支配する。イオンと衝突して大きな反跳エネルギーを受けた固体原子はその格子位置から弾き出され、物質中でさらなる衝突カスケード(英語版)を生み出す。金属や半導体にイオン注入を行うときに発生する損傷の主要因は衝突カスケードである。系内に弾き出された原子すべてのエネルギーが弾き出しのしきい値(英語版)を下回るとそれ以上損傷が発生しなくなり、核的阻止の概念は意味を失う。核的衝突によって物質中の原子に蓄積されるエネルギーの総量は nuclear deposited energy と呼ばれる。
散乱積分の衝撃パラメータ p は確率的な分布によって、もしくは試料の結晶構造を考慮に入れて決定される。前者の方法ではチャネリングが考慮されないため、アモルファス材料への注入をシミュレーションする場合にのみ適している。
最もよく知られたBCAシミュレーション・プログラムは TRIM / SRIM である。TRIMは TRansport of Ions in Matter(物質中のイオン移動)のアクロニムであり、より近年のバージョンは SRIM すなわち Stopping and Range of Ions of Matter(物質中のイオン阻止および飛程)と呼ばれる。このプログラムはZBLの電子的阻止と原子間ポテンシャルに基づいている[18][17][22]。非常に簡便なユーザーインターフェイスを持つほか、1 GeVまでのエネルギー範囲であらゆる材料とあらゆるイオンについてのデフォルトパラメータを備えていたことから大きな人気を集めた。しかし、結晶構造が考慮されていない点は多くのケースで有用性を大幅に損ねている。この難点を克服したBCAプログラムもいくつかあり、そのうちMARLOWE[23]、BCCRYS、crystal-TRIMはよく知られている。
BCA方式は多くの物理プロセスを正しく表せるが、高エネルギーイオンの減速プロセスを現実的に表すにはいくつか克服すべき点がある。衝突が二体間でのみ起こるという基本的な前提条件は、多体相互作用を考慮しようとすると深刻な問題を引き起こす。また結晶材料のシミュレーションでは、次に衝突する格子原子と衝撃パラメーター p を選択する過程で、完全にwell-definedな値を持つとは限らないパラメーターが必ず用いられる。このことは結果に10–20%程度影響する。BCA方式で信頼性を最大に高めるには多体間衝突を取り入れる必要があるが、正しく行うのは容易ではない。ただし少なくともMARLOWEはこれを行っている。
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