Chase et al. (1993) の rbcL のシークエンスによる分子系統解析以降、被子植物の系統関係はそれまで考えられてきた被子植物の分類体系とは大きく異なることが明らかとなった[13][14]。Chase et al. (1993) ではキク目群 I (asterids I) から キク目群 V (asterids V) までが認識され、キク目群 I とキク目群 II が最も派生的なグループとされた[14][15]。そしてその姉妹群にキク目群 III、更にそれを合わせたクレードの姉妹群にキク目群 IV、同様にキク目群 I から IV の姉妹群にキク目群 V が置かれ、それがバラ目群 (rosids) と姉妹群を構成した[14][15]。旧バラ亜綱の構成要員がキク目群に多く入り込むことが明らかとなった[15]。しかし逆に、花弁の合着などは系統関係を表すわけではなく、進化段階(グレード、grade)を表すと考えられていたが、それらが大枠には系統を反映していたことが明らかとなった[14]。
それらの解析結果を基に、1998年にAPG植物分類体系の初版(APG I, 1998)が出版された。キク類 (asterids) は APG I (1998) から既に用いられているクレード名である[13]。APG植物分類体系において、ラテン語ではなく英語の複数形で、小文字で書き始められる[13][16][注 3]。これは命名規約上の学名ではなく、階級を定めないクレード名として扱っていることを示している。APG I (1998) ではキク類にミズキ目Cornales、ツツジ目Ericales、真正キク類 I (euasterids I)、真正キク類 II (euasterids II) の4群が含まれたが、それぞれの分岐順序は未確定であった[13]。
APG II (2003) から APG III (2009) への改訂に際しては、真正キク類 I (euasterids I) がシソ類[18] (lamiids)、真正キク類 II (euasterids II) がキキョウ類[18] (campanulids) に改められた[19][16]。またキキョウ類では目への所属が未確定だった科を、目を新たに設定した上で所属させている。
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