La Treća hrvatska nogometna liga 1999-00, conosciuta anche come 3.HNL 1999-00, è stata la 9ª edizione della terza serie del campionato di calcio croato. Le 80 squadre erano divise in 5 gironi su base geografica.
Hrvatski vitez Posedarje - GOŠK Dubrovnik - Neretva Metković - Primorac Stobreč - Junak Sinj - Val Kaštel Stari - Primorac Biograd - Velebit Benkovac - Jadran Ploče - Poljičanin Srinjine - Omiš - Orkan Dugi Rat
Nei campionati regionali
Dinara Knin - Imotski - Gornje Raštane
Note
^Posavina ritirato durante il girone d'andata. Tutti i risultati sono stati annullati
^A fine stagione il Tišljar Ivančica Ivanec cambia il nome in NK Ivančica Ivanec
^Mladost Nada Hrastovec ritirato durante il girone d'andata. Tutti i risultati sono stati annullati
^Dalla prossima stagione il Papuk si chiamerà Kamen-Ingrad
^Lo Hrvatski vitez Posedarje rinuncia alla promozione in Druga liga e retrocede nei campionati regionali
^A fine stagione l'Imotska Krajina Proložac cambia il nome in Mladost Proložac e viene promosso in Druga liga grazie alla rinuncia del Hrvatski vitez Posedarje