È stato il primo Macintosh System Software a essere dotato di multitasking cooperativo. Viene considerato il migliore sistema operativo per i primi Macintosh, vi sono degli hobbisti che utilizzano il System 6 per navigare sul web con dei Macintosh antiquati.
Il multitasking cooperativo appare nel System 4 sotto forma di un programma chiamato Switcher che provvede a attivare i programmi permettendo agli utenti di passare da un programma all'altro. Il System 6 utilizza un approccio molto più elegante e pratico chiamato MultiFinder. System 6 è stato il primo Mac OS a supportare il multitasking nativamente (molti programmi non funzionavano con lo Switcher e comunque il programma andava comprato a parte dato che non era un elemento del System).
Il multitasking sotto System 6 era una opzione, si poteva scegliere se attivare il Finder o il MultiFinder. Se si selezionava il MultiFinder, il Finder continuava a funzionare anche quando veniva avviato un altro programma. L'ambiente MultiFinder consentiva di continuare a vedere e utilizzare le icone presenti sul Finder anche quando più programmi erano in esecuzione.
Il System 6 con MultiFinder era limitato rispetto al futuro System 7. Le principali differenze sono:
In alto a destra veniva mostrata una icona che rappresentava l'applicazione. Non era presente il menu delle applicazioni come nel System 7 ma premendo sull'icona si passava alle altre applicazioni correnti. La lista delle applicazioni in uso era visibile in fondo al menu Apple.
System 6 utilizza un indirizzamento di memoria a 24 bit e quindi poteva indirizzare al massimo 8 MByte di memoria RAM. Non aveva il supporto della memoria virtuale.
Nel System 6 si poteva spostare un file o una cartella nel Desktop e il sistema si sarebbe ricordato la nuova posizione, ma non si poteva salvare un file direttamente su Desktop perché non esisteva una cartella fittizia del Desktop che potesse essere utilizzata per salvare gli elementi, cosa invece possibile nel System 7 e nei successivi. Quando nel System 7 si selezionava il riquadro Apri appariva la cartella Desktop contenente i file salvati sul Desktop.
Nel pannello di richiesta Archivio contenente i pulsanti "Apri", "Registra", e "Registra come..." i pulsanti potevano essere selezionati utilizzando il pulsante Tab. Con il System 7 la possibilità di gestire le richieste di dialogo con la tastiere venne ampliata, anche se la finestra di dialogo non conteneva ancora la possibilità di creare una nuova cartella. Questa opzione poteva essere aggiunta con un'estensione di terze parti.
Il menu Apple è poco personalizzabile. Gli unici elementi che si potevano modificare erano dei mini programmi chiamati Accessori da scrivania (DA Desk Accessory) che venivano installati e rimossi da un programma chiamato Font/DA Mover. Il pannello di controllo, la clipboard e il programma "Cerca" erano già inseriti e si potevano inserire al massimo 15 elementi. Non era presente il menu "recenti" per le cartelle.
Il Pannello di Controllo nel System 6 era un Accessorio di scrivania e non una cartella come nel System7. Gli elementi che sotto System7 erano i dispositivi del Pannello di Controllo nel System 6 erano memorizzati nella cartella principale del sistema e non in una cartella dedicata come nel System7. Gli elementi modificabili dal pannello di controllo erano inclusi in una lista dedicata a raggruppare gli elementi personalizzabili del sistema operativo. I programmi utilizzati per modificare l'interfaccia che nel System 7 sono chiamati estensioni nel System 6 sono chiamati INIT e vengono memorizzati nella cartella principale del System 6.
Il cestino sotto System 6 si svuotava automaticamente quando si usciva dal sistema o se il MultiFinder non era attivo quando si eseguiva un programma. Non c'era differenza nell'icona tra cestino pieno e cestino vuoto.
System 6 non permetteva la creazione degli alias, introdotti con il System 7; tuttavia, un alias creato sotto System 7 e copiato in un disco funzionava in System 6, ossia apriva il file di cui era puntatore, ma non poteva essere creato. Non era in grado di gestire icone personalizzate (l'icona non appariva nella finestra "info" per file, cartelle o dischi). Sebbene gestisse il colore, il suo uso era molto limitato e molte finestre del System 6 erano in bianco e nero anche su macchine a colori. Era il primo System a gestire le etichette colorate per file o cartelle; sui Macintosh monocromatici questa opzione non era ovviamente disponibile.
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