Se non si considera la piccola secca affiorante di Cabula, San Marco è l'isola più settentrionale dell'arcipelago dei Brioni[6]. Si trova 930 m[7] a nordovest di Brioni Minore, 465 m[8] a nord di Toronda e 420 m[9] a nord-nordest di Gaza. È separato dalla terraferma dal canale di Fasana[10][11] (Fažanski kanal)[6] e, nel punto più ravvicinato (punta Grotta[12][13], rt Grota[6]), dista da essa 4,53 km[14].
San Marco è uno scoglio rotondo[6], dal diametro di circa 100 m[15]. Ha una superficie di 9293 m²[4] e uno sviluppo costiero di 0,351 km[4]. Al centro, raggiunge un'elevazione massima di 6,1 m s.l.m.[6]
Isole adiacenti
Cabula[1][2] (Kabula)[6], piccola roccia affiorante situata 910 m a ovest-nordovest di San Marco su cui si trova un piccolo faro. (44°56′43″N 13°42′35″E44°56′43″N, 13°42′35″E)
^ab Natale Vadori, Italia Illyrica sive glossarium italicorum exonymorum Illyriae, Moesiae Traciaeque ovvero glossario degli esonimi italiani di Illiria, Mesia e Tracia, 2012, San Vito al Tagliamento (PN), Ellerani, p. 406, ISBN978-88-85339-29-3.