L'abbazia venne edificata in un periodo molto lungo, dal 1200 circa fino alla fine del XV secolo. Cadde in abbandono dopo la riforma protestante e venne severamente danneggiata dalla guerra dei trent'anni e dalla dominazione svedese della Pomerania (1648-1815). Agli inizi del '800 quando Friedrich dipingeva l'abbazia non rimanevano altro che rovine circondate dalla vegetazione e da qualche abitazione contadina.
Dal 1828, in seguito alla riscoperta romantica del sito, vennero iniziati i primi lavori di restauro e venne creato un parco su un progetto del paesaggista prussiano Peter Joseph Lenné. Nel 1926 vennero effettuati degli scavi tra le rovine per ricreare la forma originaria del monastero. Oggi le rovine si trovano sotto la giurisdizione della città di Greifswald e sono un luogo di buon afflusso turistico. Il luogo è utilizzato per manifestazioni culturali.
Caspar David Friedrich. Abbazia nel querceto (1810). L'opera raffigura una mesta processione di pochissimi frati che, recando la bara di un confratello defunto, sono diretti verso il cancello di un'abbazia medievale diroccata, che nelle forme ricorda molto quella di rovine di Eldena: dell'edificio sacro non rimane che la grande monofora centrale in stile gotico, ed è talmente distrutto da essere utilizzato come cimitero.
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