Nel 1874 divenne membro della Geological Survey of India e tra il medesimo anno e il 1882 intraprese studi sulla paleontologia dei vertebrati dell'India settentrionale (in particolare del Kashmir); successivamente effettuò esplorazioni anche in Argentina[2].
Nel 1882, si sposò con Lucy Marianne Davys, figlia maggiore del Reverendo Canonico Owen William Davys di Wheathampstead (Hertfordshire)[1].
Lydekker fu anche un'autorità nel campo della biogeografia. Nel 1895 delineò il confine biogeografico passante per l'Indonesia, noto come linea di Lydekker, che separa la Wallacea, a ovest, dall'Australia-Nuova Guinea, ad est.
Tale linea è comunemente considerata il confine tra l'Asia e l'Oceania, anche perché separa la placca australiana dalla placca euroasiatica ed è dunque rilevante anche dal punto di vista geologico. Inoltre, la linea di Lydekker corrisponde anche al limite della piattaforma continentale australiana.
Membro di associazioni
Lydekker fu membro delle seguenti associazioni[1]: