Nel 2011, Haavisto è stato nominato come candidato della Lega Verde alle elezioni presidenziali del 2012[8]. Al primo turno avvenuto il 22 gennaio 2012, si è posizionato al secondo posto con il 18,8% dei voti, che gli ha permesso di sfidare il candidato del Partito di Coalizione Nazionale, Sauli Niinistö, il 5 febbraio 2012[9] ed ottenere il 37,4% dei consensi al ballottaggio[10].
^(EN) Details of minister, su valtioneuvosto.fi, Finnish Government Communications Unit. URL consultato il 23 gennaio 2012 (archiviato dall'url originale il 25 settembre 2020).
^(EN) Pekka Haavisto in brief, su haavisto2012.fi, Suomi-Finland 2012 ry. URL consultato il 23 gennaio 2012 (archiviato dall'url originale l'11 gennaio 2012).
«di ritorno dall'Iraq, Pekka Haavisto, presidente del comitato di valutazione post-bellica dell'UNEP, l'agenzia per la protezione dell'ambiente dell'ONU, ha lanciato l'allarme che nel Paese è stato usato sicuramente uranio impoverito durante la guerra ed in quantità notevolmente più grandi di quelle usate in Kosovo e Bosnia: infatti, oltre ai proiettili lanciati dagli aerei, che contengono trecento grammi di uranio, sono stati usati proiettili di carro armato che ne contengono tre chili;»