Prima di terminare quest'opera, il 21 gennaio 1694 gli vennero commissionate dieci tele, per la chiesa di Santa Maria Maggiore di Bergamo, tra cui una Madonna Immacolata e un Sogno di San Giuseppe.[5][6] Per la Parrocchiale di Stezzano (Bg) ha dipinto la pala per il vecchio Altare Maggiore "Madonna con Bambino tra i santi Giovanni Battista e Pietro" ora nella cappella di San Giovanni.
Molte furono le sue opere su tela di carattere religioso; il suo stile risente sia del cromatismo del Giordano, sia della maniera di solimeliana, appresa in un viaggio in Spagna. Ha dipinto l'abside della Chiesa di San Michele Arcangelo ad Anacapri, oltre ad opere che richiamavano i lavori di Pietro Paolo Bonzi e di Paolo Porpora.
Nel 1700 sposò Rosa Teresa De Magistris, dalla quale ebbe numerosi figli, tra i quali Carlo che proseguì il lavoro del padre.[7]
Intorno al 1700 il vescovo Oronzo Filomarini gli commissionò la decorazione della cattedrale di Gallipoli. Completò grandi tele, aventi come soggetto: Cristo scaccia i mendicanti dal tempio nella contro-facciata; Entrata in Gerusalemme, Il miracolo dello zoppo, La sepoltura di Sant'Agata. Sul soffitto dipinse Sant'Agata ferma l'eruzione dell'Etna; Sant'Agata visita San Pietro in cella; la Gloria di Sant'Agata, Processo e condanna di Sant'Agata (1715) e Martirio di San Sebastiano.
Autore della tela della Madonna delle Grazie tra Sant'Ignazio di Loyola e Sant'Anna (1707), nell'Abbazia di Santa Maria Maddalena in Armillis, in Sant'Egidio del Monte Albino.
A Napoli, nella chiesa di Santa Maria Donnalbina, realizzò intorno al 1701 un vasto ciclo di dipinti: l'affresco della controfacciata con Cristo che entra in Gerusalemme e le tele del soffitto con Assunzione (firmata) e Sant'Agnello che scaccia i Saraceni da Napoli, nonché otto figure affrescate di Santi, tra le finestre.[8]
Un secondo ciclo di pitture fu completato con l'aiuto del figlio Carlo.[9]
Queste opere di Nicola Malinconico decorano gli altari laterali della Chiesa di Santa Maria della Mercede e Sant'Alfonso Maria de' Liguori, a Napoli: San Francesco d'Assisi, II a destra; San Nicola di Bari, III a destra; San Carlo Borromeo, I a sinistra; San Francesco di Paola, II a sinistra.
A Malinconico sono attribuiti due dipinti conservati nel Santuario dell'Immacolata Concezione a Frattamaggiore; questa paternità sarebbe documentata da una partita di 20 ducati, saldata e registrata da atti bancari nel 1708.
Affreschi con l'Assunzione di Maria sul soffitto e scene dell'Antico Testamento sulle pareti nella sacrestia Chiesa dei Santi Apostoli (Napoli), (1725-1726)
Nel 1703 fu nominato Cavaliere, e nel 1706 ebbe il titolo di Conte. Era così orgoglioso di quest'ultimo titolo che firmò alcune sue opere con lo stesso.
^Sogno di San Giuseppe, su lombardiabeniculturali.it, Lombardia beni culturali. URL consultato il 1º agosto 2016.
^Opere d'arte di Nicola Malinconico, su arteantica.eu, Arte antica.wu. URL consultato il 1º agosto 2016 (archiviato dall'url originale il 18 settembre 2016).
Anna Caputi, Raffaello Causa, Raffaele Mormone (a cura di), La Galleria dell'Accademia di Belle Arti in Napoli, Napoli, Banco di Napoli, 1971, SBNNAP0178087.
M. A. Pavone, Pittori napoletani del '700 Nuovi documenti. Appendice documentaria di U. Fiore, Napoli 1994, doc. 6, pp. 76–77.
B. De Dominici, Vita de' pittori scultori e architetti napoletani, Napoli 1742-1745, III, pp. 120 e 446.
Achille della Ragione, Nicola Malinconico pittore di natura morta, Napoli, 2009.