Nel 1998 la nazionale egiziana partecipò per la prima volta alle qualificazione al campionato africano, superando l'Uganda e accedendo alla fase finale del torneo[2]. Sorteggiata nel gruppo A assieme a Nigeria, RD del Congo e Marocco, perse tutte e tre le partite e venne eliminata dalla manifestazione[2]. Negli anni successivi la squadra non prese parte ad alcune edizioni, mentre in altre perse nel corso delle qualificazioni. Tornò a disputare la fase finale della Coppa delle nazioni africane nell'edizione 2016 dopo aver superato nelle qualificazioni prima la Libia e poi la Costa d'Avorio garzie alla regola dei gol fuori casa[3]. Inserita nel gruppo A con Camerun, Sudafrica e Zimbabwe, l'Egitto concluse il raggruppamento al terzo posto dopo aver battuto lo Zimbabwe e perso le altre due partite, venendo così eliminato[4].
Dopo essere rimasta inattiva per diversi mesi e aver rinunciato alla partecipazione alla Coppa delle nazioni africane 2018, la nazionale egiziana prese parte nel 2021 alla seconda edizione ufficiale della Coppa araba femminile, ospitata proprio in Egitto[5]. La squadra superò da prima classificata il proprio raggruppamento, ma venne sconfitta in semifinale dalla Giordania, che poi vinse la competizione[6]. Nello stesso anno venne eliminata al primo turno delle qualificazioni alla Coppa delle nazioni africane 2022 dalla Tunisia[7].