Observationes nonnulae in Coleoptera Indiae orientalis, Monaco, 1831.
Allgemeine Naturgeschichte als philosophische und Humanitätswissenschaft, 1837–1846
Delectus Animalium Articulatorum quae in itinere per Brasiliam Annis MDCCCXVII - MDCCCXX Iussu et Auspiciis Maximiliani Josephi I. Bavariae Regis Augustissimi, percato collegerunt Dr J. B. de Spix et Dr. C. F. Ph. de Martius. (1830- 1834)
Ueber die höhere Bedeutung der Naturwissenschaften und ihren Standpunkt in unserer Zeit. Eine akademische Eröffnungsrede, Berna, 1835
Zur Kenntniss kleinster Lebensformen, 1852
Grundzüge der Ethnographie, Lipsia e Heidelberg, 1859
Die mystischen Erscheinungen in der menschlichen Natur. Lipsia, 1861 (2ª edizione nel 1872, in 2 volumi)
Die Realitat magischer Krafte und Wirkungen des Menschen gegen die Widersacher vertheidigt. Ein Supplement zu des Verfassers „Mystischen Erscheinungen der menschlichen Natur“, 1863
Über das Seelenleben der Tiere (Lipsia e Heidelberg, 2. 1865: riedizione nel 1876)
Die Natur im Licht philosophischer Anschauung (Lipsia e Heidelberg) (1869)
Blicke in das verborgene Leben des Menschengeistes, Leipzig und Heidelberg 1869
Der jetzige Spiritualismus und verwandte Erfahrungen der Vergangenheit und Gegenwart. Ein Supplement zu des Verfassers „Mystischen Erscheinungen der menschlichen Natur“, 1877
Erinnerungen aus dem Leben eines Natur- und Seelenforschers des 19. Jahrhunderts (Lipsia e Heidelberg) (1879)
Collezioni
Le collezioni degli esemplari reperiti e studiati da Perty sono all'Università di Berna e al Zoologische Staatssammlung, di Monaco
