Margarita è nata nel 1935 a Madrid, secondogenita dell'avvocato Manuel Gómez-Acebo y Modet (1889-1936) e di María de las Mercedes Cejuela y Fernández (1904-1936).[1] Dopo lo scoppio della guerra civile spagnola, i suoi genitori furono arrestati dai repubblicani a Villalba, vicino la capitale, per essere giustiziati dopo tre mesi di prigionia.[1][2]
Rimasta orfana, continuò a vivere nella casa paterna con suo fratello José-Luis (1930-2010), finché non furono accolti dal marchese di Casa Pissaro fino al maggio 1937.[1] Nell'estate del medesimo anno raggiunsero la nonna paterna, Margarita Modet (1863-1939), rimanendo sotto la sua custodia fino all'anno in cui morì.[1] In seguito vennero accuditi dallo zio paterno Juan (?-1950), ma anche questi spirò e furono affidati allo zio Jaime (1897-1977; suocero di Pilar di Borbone-Spagna).[1]
Incontrò per la prima volta Simeone II di Bulgaria nel 1958 al Club Puerta de Hierro.[1][3] Sono stati sposati il 14 gennaio 1962 con rito cattolico dal confessore del re dei Belgi.[1] Le nozze civili ebbero luogo il 20 gennaio a Losanna e il rito ortodosso si tenne il giorno successivo nella chiesa russa di Vevey.[1][2][4]
Nel 1996 visitò per la prima volta la Bulgaria, in compagnia di suo marito.[2] Nel settembre 2015 fu ospite ufficiale al gala di beneficenza "For Life", organizzato per acquistare il primo apparecchio di radioterapia della Bulgaria.[5] A novembre dello stesso anno fu ospite d'onore a un evento della Business Women Society (BWS) e dell'International Women's Club (IWC).[6] Fu anche patrona onoraria del 21⁰ bazar di beneficenza organizzato dall'IWC.[6]