Dopo aver sostenuto le visite mediche nel maggio 2013,[6] Vergara firma un contratto con il Milan fino al 30 giugno 2018, depositato nella sede della Lega Serie A il 1º luglio seguente.[7] Il calciatore colombiano decide di indossare la maglia numero 33,[8] con la quale non è però mai sceso in campo in gare ufficiali nella stagione 2013-2014. Il 23 gennaio 2014 viene ceduto al Parma, con la formula del prestito con diritto di riscatto della compartecipazione.[9] Tra noie muscolari e qualche mese di panchina[10] non riesce a esordire in Serie A, e a fine stagione fa ritorno al Milan. Viene ceduto poi in prestito annuale in Serie B all'Avellino il 9 luglio 2014.[11] Fa il suo esordio in campionato il 20 settembre seguente al Francioni di Latina dove realizza il gol vittoria irpino. La rete realizzata al portiere dei pontini Simone Farelli è la prima rete di Vergara in un campionato professionistico.
Il 25 agosto 2015 passa in prestito con diritto di riscatto al Livorno, sempre in Serie B.[12] Il calciatore non viene riscattato e svolge la preparazione estiva con i rossoneri prendendo parte alla tournée americana.
Il 31 agosto 2016 passa in prestito all'Arsenal Tula.[13] A fine stagione ritorna al Milan, ma non viene comunque mai schierato rimanendo fuori rosa, pur avendo ancora un contratto valido sino al 30 giugno 2019.
Il 17 agosto 2018, ultimo giorno della sessione estiva di calciomercato, passa al Cagliari a titolo definitivo;[14] nello stesso giorno viene girato in prestito secco all'Olbia[14][15] ma dopo solo 3 presenze nella prima parte di stagione rientra dal prestito a gennaio al Cagliari.[16]
A giugno 2020 ritorna all'Olbia per disputare i play out.[17]
Il 10 marzo 2021 viene acquistato (da svincolato) dalla Vibonese.[18] Il 27 gennaio 2022 rescinde consensualmente il proprio contratto con la squadra rossoblu.[19]
Viene chiamato a rappresentare la Nazionale colombiana Under-20 per il Campionato sudamericano Under-20 2013, disputatosi in Argentina dal 9 gennaio al 3 febbraio, scegliendo di indossare la maglia numero 2. Nella competizione gioca 8 partite su 9 e segna l'ultimo gol per la Colombia, che decreta anche la vittoria della propria Nazionale nel torneo.[20]
Tra maggio e giugno 2013 prende parte con la selezione Under-20 al Torneo di Tolone, dove disputa tutte le 5 partite della Colombia, sconfitta in finale dal Brasile,[21] segnando anche 2 gol.
Nel giugno 2013 viene convocato per il Mondiale Under-20 in Turchia, dove è titolare nelle 4 gare disputate dalla propria Nazionale, eliminata negli ottavi di finale ai rigori dalla Corea del Sud.[22]
^Vergara nuovo acquisto amaranto, su livornocalcio.it, 25 agosto 2015. URL consultato il 25 agosto 2015 (archiviato dall'url originale il 28 agosto 2015).
^abJherson Vergara all’Olbia, su cagliaricalcio.com, 17 agosto 2018. URL consultato il 10 marzo 2021 (archiviato dall'url originale il 25 settembre 2020).
^Vergara per la difesa, su olbiacalcio.com, 17 agosto 2018. URL consultato il 10 marzo 2021 (archiviato dall'url originale il 28 settembre 2018).
^Due operazioni in uscita, su olbiacalcio.com, 31 gennaio 2019. URL consultato il 10 marzo 2021 (archiviato dall'url originale il 1º maggio 2019).
^Bentornato Vergara!, su olbiacalcio.com, 9 giugno 2020. URL consultato il 10 marzo 2021 (archiviato dall'url originale il 30 ottobre 2020).
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