Iha nasce a Chicago, nell'Illinois, il 26 marzo del 1968, figlio di immigrati giapponesi originari di Okinawa. Prima di fondare, insieme a Billy Corgan, gli Smashing Pumpkins nel 1988, ha fatto parte di altri gruppi, quali The Feds e Snake Train.
Durante la carriera nei Pumpkins, benché la mente creativa del gruppo fosse Corgan, ha partecipato alla scrittura di alcune canzoni, quali Blew Away in Pisces Iscariot, Bugg Superstar in Earphoria, Take Me Down nel doppio album Mellon Collie and the Infinite Sadness, ...Said Sadly, Believe, The Boy, e The Bells nel box set The Aeroplane Flies High, Summer, una b-side contenuta nel singolo di Perfect e Go nell'ultimo album dei Pumpkins, Machina II/The Friends and Enemies of Modern Music. Inoltre ha scritto, insieme a Corgan, I Am One dell'album Gish, Soma e Mayonaise in Siamese Dream, Plume in Pisces Iscariot, Farewell and Goodnight in Mellon Collie and the Infinite Sadness, e Tribute to Johnny in The Aeroplane Flies High.
Dopo la separazione dei Pumpkins nel 2000, Iha ha portato avanti diversi progetti. È stato membro della band A Perfect Circle dal luglio 2003, ed ha partecipato al loro album Emotive. Inoltre è apparso nelle registrazioni di alcuni gruppi quali Ivy e Fulflej. Nel 2003 ha fondato la band Vanessa and the O's.
Nel 2001, con l'aiuto dell'amico e manager Isao Izutsu, ha creato la marca di vestiti Vaporize.
Nel tour dei The Smashing Pumpkins del 2016, che nel frattempo si erano ricostruiti ad opera di Corgan e Chamberlin, anche James Iha torna a suonare con la band in alcune date, a distanza di 16 anni dall'ultimo concerto con questa formazione. Nel mese di Febbraio 2018, tramite il sito ufficiale, la band annuncia ufficialmente il ricongiungimento con James Iha e il ritorno con un tour negli Stati Uniti e in Europa denominato “Shiny and Oh So Bright Tour”.
2003 – Artisti Vari – Öyafestivalen Oslo 7.-9. Aug 03 (promo) (chitarra nel brano Fly Away dei Dharma)
2004 – Auf der Maur – Auf der Maur (chitarra EBow nel brano Head Unbound, chitarra e voce addizionali nel brano Skin Receiver)
2005 – Artisti Vari – Because Of Winn-Dixie: Original Motion Picture Soundtrack (presente nel brano Splish Splash con Adam Schlesinger)
2005 – Ivy – In The Clear (chitarra nei brani Tess Don't Tell e Clear My Head)
2005 – The Sound Of Urchin – The Diamond (chitarra EBow nel brano Blown Away)
2006 – Artisti Vari – Monsieur Gainsbourg Revisited (basso, chitarra, sintetizzatore, produzione nel brano I Love You (Me Either) (Je T'Aime Moi Non Plus) di Cat Power & Karen Elson)
2010 – The Candles – Between The Sounds (chitarra, tastiere nel brano Anywhere Tonight)
2011 – The Static Jacks – If You're Young (tamburello nel brano Drano-Ears)
2012 – Cedar Park – Way Back Home (chitarra nel brano I Just Happen To Know)
2012 – Raymond & Maria – Jobs Where They Don't Know Our Names (produzione, slide guitar nel brano The Fish Are Swimming Slower Every Year, chitarra e percussioni nel brano Remember Me, cori nel brano Nora Wellington Jones)
2015 – Scott Weiland And The Wildabouts – Blaster (chitarra nel brano Blue Eyes)
2017 – WPC – Ogilala (chitarra nel brano Processional)
2020 – Peals – Honey (chitarra, basso, sintetizzatore, voce nel brano Punk Migration)
2021 – Strand Of Oaks – In Heaven (chitarra nel brano Easter)
