La stagione 1999 dei Jacksonville Jaguars è stata la 5ª della franchigia nella National Football League[1]. Il wide receiverJimmy Smith stabilì i record di franchigia per ricezioni e yard ricevute in una stagione. I Jaguars terminarono col miglior record della loro storia, 14-2. Entrambe quelle sconfitte nella stagione regolare furono contro i Tennessee Titans, che poi li eliminarono nella finale della AFC.
Il club assunse l'ex allenatore dei Carolina PanthersDom Capers come coordinatore difensivo. Sotto la sua direzione, la squadra passò dal 25º posto del 1998 al 4º del 1999 nella difesa totale. I 13,6 punti subiti a partita furono invece il miglior risultato della lega.