Surtees decide di cimentarsi nel campionato 2009 di Formula 2, correndo col numero 7. Nella gara di debutto del campionato riesce a conquistare il settimo posto, mentre a Brno e a Spa rimase a zero punti. Nella Gara 1 sul circuito di Brands Hatch conquistò un buon terzo posto. Morì nella Gara 2 del giorno seguente, colpito alla testa da una ruota della macchina di Jack Clarke staccatasi dopo che si era scontrata con un muro. L'auto, con il conducente privo di conoscenza, continuò dritta contro una barriera alla curva Sheene. Surtees fu portato al centro medico del circuito, poi trasferito al Royal London Hospital. La morte fu attribuita alle gravi ferite alla testa, non allo scontro con le barriere.
Henry Surtees fu sepolto all'interno della chiesa dei Santi Pietro e Paolo di Lingfield, nel Surrey.