L'Handball Trophy 2006-2007 è stata la terza edizione del torneo annuale organizzato dalla Federazione Italiana Gioco Handball.
È stato disputato da domenica 17 a martedì 19 settembre 2006 ed hanno partecipano le otto squadre iscritte al campionato di Serie A Élite 2006-2007.
Gli incontri si sono disputati al PalaSavena di San Lazzaro di Savena in provincia di Bologna.
La competizione prevedeva la disputa di due gironi eliminatori da quattro squadre ciascuno con la formula del girone all'italiana con incontri di sola andata; a seguire semifinali e finali.
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