Guidò l'esercito di Navarra nel 1521 conquistando la città di Hondarribia.
Bonnivet succedette a Odet de Foix, visconte di Lautrec, nel 1523 come comandante dell'esercito italiano e attaccò il ducato di Milano, ma fu sconfitto e costretto a un disastroso ritiro, in cui morì Pierre Terrail, signore di Bayard.
Guillaume sposò nel 1506 Bonaventure du Puy du Fou, figlia del ciambellano di corte di Carlo di Valois-Angoulême, padre del futuro re Francesco I di Francia. Dopo la morte di Bonaventure, nel 1517 contrasse un secondo matrimonio con Louise de Crèvecœur ed ebbero tre figli:
Francesco l'Ainé († 1556), ucciso all'assedio di Volpiano in Piemonte