Franz Wagner è nato a Berlino, fratello minore di Moritz Wagner anch'egli cestista in NBA.
Basketball-Bundesliga
Nella stagione 2018-19 gioca sia con l'Alba Berlino, nella Basketball-Bundesliga, sia con la Lokomotive Bernau, nella ProB, lega di terza divisione. Nel maggio 2019 vince il BBL Best Young Player Award, assegnato al miglior giovane di nazionalità tedesca. L'Alba Berlino avanza fino alle finali, dove affronta il Bayern Monaco. In gara 2, Wagner si rende protagonista, realizzando 14 punti (massimo di squadra) con 6/6 dal campo.[1] Chiude la stagione tenendo 4,6 punti di media in 12,4 minuti di utilizzo in Bundesliga, venendo raramente impiegato nella EuroCup.[2]
College
Considerato una recluta a 4 stelle da 247Sports e Rivals, Wagner riceve offerte da Butler, Stanford e Michigan,[3] scegliendo proprio quest'ultima, già università del fratello maggiore. Wagner rinuncia così di fatto alla firma di un contratto da professionista con l'Alba Berlino.
Prima dell'inizio della stagione si frattura il polso destro, vedendosi così costretto a star fermo un mese. Debutta il 27 novembre 2019 nella vittoria contro Iowa State, chiudendo con 6 punti, 3 rimbalzi e una stoppata in 23 minuti di utilizzo. Alla fine della stagione viene incluso nel primo quintetto All-Freshman della Big Ten, dopo aver tenuto le medie di 11,6 punti, 5,6 rimbalzi e 1 assist a partita.
La seconda stagione si rivela ancora più produttiva per Wagner, che realizza 14 partite in doppia cifra, 4 partite con più di 20 punti, chiude con il massimo di squadra in palle rubate (30) e con il secondo miglior dato in stoppate (23), migliorando in ogni voce statistica. A fine stagione viene incluso nel secondo quintetto All-Big Ten dagli allenatori e nel terzo dai media.[4][5]
Il 4 maggio si rende eleggibile per il Draft NBA 2021.[6]
NBA
Orlando Magic (2021-)
Wagner viene scelto con l'ottava chiamata assoluta dagli Orlando Magic, la seconda selezione della squadra della Florida dopo Jalen Suggs.[7]