Parteciparono al torneo undici squadre: sette delle otto squadre iscritte alla Eesti meistrid 1938-1939 (tutte tranne l'Estonia Tallinn) più altre quattro formazioni[1]. Il torneo prevedeva un turno preliminare, quarti, semifinali e finale; i turni erano su partita secca con tempi supplementari in caso di parità e replay in caso di perdurante pareggio[1].