Sede vescovile è la città di Kaohsiung, dove si trova la cattedrale del Santo Rosario. A Wanluan sorge la basilica minore dell'Immacolata Concezione, la più antica chiesa cattolica dell'isola.
Il territorio si estende su 5.728 km² ed è suddiviso in 60 parrocchie, raggruppate in 9 decanati.
Il 30 dicembre 1949 la prefettura apostolica ha ceduto porzioni del suo territorio alla prefettura apostolica di Taipei (oggi arcidiocesi) e contestualmente ha assunto il nome di prefettura apostolica di Kaohsiung.
Il 7 agosto 1952 ha ceduto altre porzioni di territorio a vantaggio dell'erezione delle prefetture apostoliche di Hwalien e di Kiayi (oggi entrambe diocesi).
Il 21 marzo 1961 in forza della bollaQuoniam secundum di papa Giovanni XXIII la prefettura apostolica ha ceduto un'ulteriore porzione di territorio a vantaggio dell'erezione della diocesi di Tainan e nel contempo è stata elevata a diocesi.
Cronotassi dei vescovi
Si omettono i periodi di sede vacante non superiori ai 2 anni o non storicamente accertati.
Clemente Fernández, O.P. † (2 settembre 1913 - giugno 1921 dimesso)
Thomas de la Hoz, O.P. † (1º agosto 1921[1] - 2 aprile 1941 dimesso)